Биоклипс - Bioclipse
| Разработчики) | Проект Bioclipse |
|---|---|
| Первый выпуск | 17 ноября 2005 г . |
| Стабильный выпуск | 2.6.2 (4 ноября 2016 г . ) [±] |
| Предварительный выпуск | 2.6.2 RC (15 апреля 2016 г. ) [±] |
| Тип | Хеминформатика , биоинформатика |
| Лицензия | Общественная лицензия Eclipse |
| Веб-сайт |
www 
|
Проект Bioclipse - это основанная на Java визуальная платформа с открытым исходным кодом для химио- и биоинформатики, основанная на платформе Eclipse Rich Client Platform (RCP). Он получил функциональность сценариев в 2009 году и версию командной строки в 2021 году.
Как и любое приложение RCP, Bioclipse использует архитектуру подключаемых модулей, которая наследует базовые функции и визуальные интерфейсы от Eclipse, такие как справочная система, обновления программного обеспечения , настройки, кроссплатформенное развертывание и т. Д. Через свои подключаемые модули Bioclipse предоставляет функциональные возможности для химио- и биоинформатики, а также точки расширения, которые можно легко расширить с помощью других, возможно, проприетарных плагинов для обеспечения дополнительных функций.
Первый стабильный выпуск Bioclipse включает в себя плагин Chemistry Development Kit (CDK) для обеспечения химиоинформатической базы данных, плагин Jmol для 3D-визуализации молекул и плагин BioJava для анализа последовательностей. Недавно были добавлены платформа R , использующая StatET, и OpenTox.
Bioclipse разработан в результате сотрудничества между Proteochemometric Group, Dept. Pharmaceutical Biosciences, Uppsala University , Швеция, Christoph Steinbeck Group в Европейском институте биоинформатики и кафедрой аналитической химии в Leiden University , но также включает расширения, разработанные в других академических институтах. , включая Каролинский институт и Маастрихтский университет . Разработка поддерживается Международной ассоциацией биоклипсов.
Язык сценариев Bioclipse
Язык сценариев Bioclipse (BSL) - это среда сценариев, в настоящее время основанная на JavaScript и Groovy . Он расширяет язык сценариев с помощью менеджеров, которые обертывают функциональность сторонних библиотек, как упоминалось выше. Таким образом, эти скрипты предоставляют средства для проведения анализов в Bioclipse, например, на MyExperiment .org. Bioclipse определяет ряд основных типов данных, которые поддерживают менеджеры, что позволяет использовать информацию между этими менеджерами.
использованная литература
внешние ссылки
 |
У Схолии есть тематический профиль для Bioclipse . |