Хромосома 15 - Chromosome 15
| Хромосома 15 | |
|---|---|
 Пара хромосом человека 15 после G-бэндинга .
Один от матери, один от отца. | |
 Пара хромосом 15
в мужской кариограмме человека . | |
| Функции | |
| Длина ( п.н. ) | 101 991 189 п.н. ( ГРЧ38 ) |
| Кол- во генов | 561 ( CCDS ) |
| Тип | Аутосома |
| Положение центромеры |
Акроцентрический (19,0 Мбит / с) |
| Полные списки генов | |
| CCDS | Список генов |
| HGNC | Список генов |
| UniProt | Список генов |
| NCBI | Список генов |
| Внешние вьюеры карт | |
| Ансамбль | Хромосома 15 |
| Entrez | Хромосома 15 |
| NCBI | Хромосома 15 |
| UCSC | Хромосома 15 |
| Полные последовательности ДНК | |
| RefSeq | NC_000015 ( FASTA ) |
| GenBank | CM000677 ( FASTA ) |
Хромосома 15 является одним из 23 пар хромосом в организме человека . У людей обычно есть две копии этой хромосомы. Хромосома 15 охватывает около 102 миллионов пар оснований (строительный материал ДНК ) и составляет от 3% до 3,5% всей ДНК в клетках . Хромосома 15 - это акроцентрическая хромосома с очень маленьким коротким плечом (плечо «p» от «petite»), которое содержит несколько генов, кодирующих белок, среди своих 19 миллионов пар оснований. У него также есть гораздо более крупное длинное плечо (плечо "q"), богатое генами, охватывающее около 83 миллионов пар оснований.
Ген лейкоцитарного антигена человека для β2-микроглобулина обнаружен на хромосоме 15, а также ген FBN1, кодирующий как фибриллин-1 (белок, критически важный для правильного функционирования соединительной ткани, так и апрозин, небольшой белок, продуцируемый Park of the транскрибируется мРНК гена fbn1.
Гены
Количество генов
Ниже приведены некоторые оценки количества генов на хромосоме 15 человека. Поскольку исследователи используют разные подходы к аннотации генома, их прогнозы количества генов на каждой хромосоме различаются (технические подробности см. В разделе « Прогнозирование генов» ). Среди различных проектов совместный проект согласованной последовательности кодирования ( CCDS ) использует чрезвычайно консервативную стратегию. Таким образом, прогноз числа генов CCDS представляет собой нижнюю границу общего числа генов, кодирующих человеческие белки.
| По оценке | Гены, кодирующие белок | Некодирующие гены РНК | Псевдогены | Источник | Дата выхода |
|---|---|---|---|---|---|
| CCDS | 561 | - | - | 2016-09-08 | |
| HGNC | 559 | 328 | 433 | 2017-05-12 | |
| Ансамбль | 605 | 992 | 508 | 2017-03-29 | |
| UniProt | 601 | - | - | 2018-02-28 | |
| NCBI | 629 | 716 | 594 | 2017-05-19 |
Список генов
Ниже приведен неполный список генов на хромосоме 15 человека. Полный список см. По ссылке в информационном окне справа.
- AAGAB : белок, связывающий альфа- и гамма-адаптин
- ACSBG1 : кодирующий фермент ацил-КоА-синтетазу, семейство жевательной резинки, член 1
- ARPP-19 : кодирующий белок цАМФ-регулируемый фосфопротеин 19
- C15orf15 : кодирующий белок Вероятный белок биогенеза рибосом RLP24
- CAPN3 : Calpain 3 (мышечная дистрофия конечностей типа 2A)
- CHP : кальций-связывающий белок P22
- CHSY1 : хондроитинсульфатсинтаза 1
- CLK3 : CDC-подобная киназа 3
- ClpX : кодирующий фермент АТФ-зависимую протеазу Clp АТФ-связывающая субъединица clpX-подобная, митохондриальная
- COMMD4 : кодирующий белок, содержащий домен COMM, белок 4
- CPEB1 : белок 1, связывающий элемент цитоплазматического полиладенилирования
- DTWD1 :
- ELL3 : кодирующий белок фактор элонгации РНК-полимераза II-подобная 3
- FAH : фумарилацетоацетатгидролаза (фумарилацетоацетаза)
- FAM214A : кодирующий белок белок FAM214A
- FBN1 : фибриллин 1 (синдром Марфана)
- FOXB1 : кодирующий белок Forkhead box B1
- GATM : глицинаминотрансфераза, митохондриальная
- GCHFR : белок обратной связи GTP-циклогидролазы 1
- GLCE : D-глюкуронил C5-эпимераза
- HDGFRP3 :
- HEXA : гексозаминидаза A (альфа-полипептид) ( болезнь Тея – Сакса )
- HMG20A : кодирующий белок белок группы высокой подвижности 20A
- IDDM3, кодирующий белок, инсулинозависимый сахарный диабет 3
- IMP3 : кодирующий белок U3 малый ядрышковый рибонуклеопротеиновый белок IMP3
- ITPKA : кодирующий фермент инозитол-трифосфат-3-киназу A
- IVD : изовалерилкофермент А дегидрогеназа
- KATNBL1 : кодирующий белок KATNBL1
- LARP6, кодирующий белок, родственный белок 6 La, также известный как ахерон или член семейства 6 рибонуклеопротеиновых доменов La (LARP6),
- LCMT2 : кодирующий фермент лейцинкарбоксилметилтрансферазу 2
- LINC00926, кодирующий белок Длинная межгенная небелковая кодирующая РНК 926
- MESDC2 : кодирующий белок шаперон LDLR MESD
- MESP1 : кодирующий белок, гомолог заднего 1 мезодермы (мышь)
- MFAP1 : кодирующий белок, связанный с микрофибриллами белок 1
- MCPH4 : микроцефалия, первичный аутосомно-рецессивный 4
- MIR7-2 : кодирующий белок MicroRNA 7-2
- MIR627 : кодирующий белок MicroRNA 627
- NIPA2 : кодирующий белок, не импринтированный в белок 2 области синдрома Прадера-Вилли / Ангельмана
- OCA2 : глазокожный альбинизм II (гомолог разведения розовых глаз, мышь)
- PDCD7 : кодирующий белок белок программируемой гибели клеток 7
- ПМЛ : белок промиелоцитарного лейкоза (участвует в t (15,17) с RARalpha, преобладающей причиной острого промиелоцитарного лейкоза.
- PTPLAD1 : кодирующий фермент Белок, подобный тирозинфосфатазе, белок PTPLAD1
- PYGO1 : кодирующий белок гомолог 1 Pygopus (Drosophila)
- RAD51 : гомолог RAD51 (гомолог RecA, E. coli) (S. cerevisiae)
- RMDN3 : кодирующий белок регулятор динамики микротрубочек белок 3
- RNR3 : кодирующая РНК, рибосомный 45S кластер 3
- RTF1 : кодирующий белок Rtf1, компонент комплекса Paf1 / РНК-полимераза II, гомолог ( S. cerevisiae )
- SCAMP2 : кодирующий белок секреторный мембранный белок 2, ассоциированный с носителем
- SCAMP5 : кодирующий белок секреторный мембранный белок-носитель 5
- SCZD10 : кодирующий белок шизофреническое расстройство 10 (периодическая кататония)
- SCAPER : S-фаза CyclinA-ассоциированный белок, находящийся в эндоплазматической сети.
- SENP8 : кодирующий фермент Sentrin-специфическую протеазу 8
- SERF2 : кодирующий белок Малый EDRK-богатый фактор 2
- SLC24A5 : ген, ответственный за не менее 1/3 различий в цвете кожи между расами, выраженный в мозге и нервной системе.
- SNAPC5 : кодирующий белок мяРНК-активирующий белок комплекс субъединица 5
- SPN1 : кодирующий белок Snurportin1
- STRC : стереоцилин
- SUHW4 : кодирующий белок белок цинкового пальца 280D
- SYNM : кодирующий белок Synemin
- TGFBR2 : расположение 3p24.2-p25 из-за инактивационной мутации
- TMC3 : кодирующий белок трансмембранный канал типа 3
- TMCO5A : кодирующий белок трансмембранный и спиральный домены 5A
- TMED3 : кодирующий белок Трансмембранный транспортный белок p24 3
- UBE3A : убиквитин протеинлигаза E3A (белок, связанный с вирусом папилломы человека E6, синдром Ангельмана)
- Ube3a-ATS :
- VPS39 : кодирующий белок hVam6p / Vps39-подобный белок
- ZNF592 : кодирующий белок белок цинкового пальца 592
- UNC13C: кодирующий белок unc-13 гомолог C
Хромосомные состояния
Следующие состояния вызваны мутациями в хромосоме 15. Два состояния ( синдром Ангельмана и синдром Прадера-Вилли ) связаны с потерей активности генов в одной и той же части хромосомы 15, области 15q11.2-q13.1. Это открытие предоставило людям первые доказательства того, что что-то помимо генов может определять их экспрессию .
Синдром ангельмана
Основными характеристиками синдрома Ангельмана являются тяжелая умственная отсталость, атаксия , отсутствие речи и чрезмерно счастливое поведение. Синдром Ангельмана возникает в результате потери активности генов в определенной части хромосомы 15, области 15q11-q13. Эта область содержит ген под названием UBE3A, который в случае мутации или отсутствия, вероятно, вызывает характерные признаки этого состояния. У людей обычно есть две копии гена UBE3A, по одной от каждого родителя. Обе копии этого гена активны во многих тканях организма. Однако в мозгу активна только копия, унаследованная от матери человека (материнская копия). Если материнская копия потеряна из-за хромосомного изменения или мутации гена, у человека не будет рабочих копий гена UBE3A в мозгу.
В большинстве случаев (около 70%) у людей с синдромом Ангельмана есть делеция в материнской копии хромосомы 15. Это хромосомное изменение удаляет область 15 хромосомы, которая включает ген UBE3A . Поскольку копия гена UBE3A, унаследованная от отца человека (отцовская копия), обычно неактивна в головном мозге, делеция в материнской хромосоме 15 приводит к отсутствию активных копий гена UBE3A в мозгу.
В 3–7% случаев синдром Ангельмана возникает, когда у человека есть две копии отцовской хромосомы 15 вместо одной копии от каждого родителя. Это явление называется отцовской однопородной дисомией (UPD). Люди с отцовским UPD для хромосомы 15 имеют две копии гена UBE3A, но обе они унаследованы от отца и поэтому неактивны в мозге.
Около 10% случаев синдрома Ангельмана вызваны мутацией в гене UBE3A, а еще 3% являются результатом дефекта в области ДНК, которая контролирует активацию гена UBE3A и других генов в материнской копии хромосомы 15. В В небольшом проценте случаев синдром Ангельмана может быть вызван хромосомной перестройкой, называемой транслокацией, или мутацией в гене, отличном от UBE3A. Эти генетические изменения могут ненормально инактивировать ген UBE3A.
Синдром Ангельмана может быть наследственным, о чем свидетельствует один случай, когда пациентка забеременела дочерью, которая также страдала этим заболеванием.
Синдром Прадера-Вилли
Основные характеристики этого состояния включают полифагию (чрезмерный ненасытный аппетит), задержку развития от легкой до умеренной, гипогонадизм, приводящий к задержке полового созревания или его отсутствию, и гипотонию . Синдром Прадера-Вилли вызван потерей активных генов в определенной части хромосомы 15, области 15q11-q13. Обычно люди имеют две копии этой хромосомы в каждой клетке, по одной копии от каждого родителя. Синдром Прадера-Вилли возникает, когда отцовская копия частично или полностью отсутствует.
Примерно в 70% случаев синдром Прадера-Вилли возникает, когда удалена область 15q11-q13 отцовской хромосомы 15. Гены в этой области обычно активны на отцовской копии хромосомы и неактивны на материнской копии. Следовательно, у человека с делецией в отцовской хромосоме 15 не будет активных генов в этой области.
Примерно в 25% случаев человек с синдромом Прадера-Вилли имеет две материнские копии хромосомы 15 в каждой клетке вместо одной копии от каждого родителя. Это явление называется материнской однопородной дисомией. Поскольку некоторые гены обычно активны только на отцовской копии этой хромосомы, человек с двумя материнскими копиями хромосомы 15 не будет иметь активных копий этих генов.
В небольшом проценте случаев синдром Прадера-Вилли не вызван хромосомной перестройкой, называемой транс-локацией. Редко это состояние вызвано аномалией в области ДНК, которая контролирует активность генов на отцовской хромосоме 15. Поскольку пациенты почти всегда имеют трудности с воспроизведением, синдром Прадера – Вилли обычно не наследуется.
Изодицентрическая хромосома 15
Специфическое хромосомное изменение, называемое изодицентрической хромосомой 15 (IDIC15) (также известное под другими названиями ), может повлиять на рост и развитие. У пациента есть «лишняя» или «маркерная» хромосома. Эта небольшая дополнительная хромосома состоит из генетического материала хромосомы 15, который был ненормально продублирован (скопирован) и прикреплен встык. В некоторых случаях дополнительная хромосома очень мала и не влияет на здоровье человека. Более крупная изодицентрическая хромосома 15 может привести к слабому мышечному тонусу (гипотонии), умственной отсталости, судорогам и поведенческим проблемам. Признаки и симптомы аутизма (нарушения развития, которое влияет на общение и социальное взаимодействие) также были связаны с наличием изодицентрической хромосомы 15.
Другие хромосомные состояния
Другие изменения числа или структуры хромосомы 15 могут вызывать задержку развития, задержку роста и развития, гипотонию и характерные черты лица. Эти изменения включают дополнительную копию части хромосомы 15 в каждой клетке (частичная трисомия 15) или недостающий сегмент хромосомы в каждой клетке (частичная моносомия 15). В некоторых случаях удаляются или дублируются несколько строительных блоков ДНК хромосомы (нуклеотидов).
Следующие заболевания являются одними из тех, которые связаны с генами на хромосоме 15:
- Синдром Блума
- Рак молочной железы
- Изовалериановая ацидемия
- Loeys – Dietz , тип 3 (ген SMAD3)
- Синдром Марфана
- Несиндромная глухота
- Синдром Шааф-Янга (SYS)
- Болезнь Тея – Сакса
- Тирозинемия
Цитогенетическая полоса
| Chr. | Рука | Группа | ISCN начало |
Остановка ISCN |
пар оснований старта |
Остановка базовой пары |
Пятно | Плотность |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 15 | п | 13 | 0 | 270 | 1 | 4 200 000 | Гвар | |
| 15 | п | 12 | 270 | 631 | 4 200 001 | 9 700 000 | стебель | |
| 15 | п | 11.2 | 631 | 1142 | 9 700 001 | 17 500 000 | Гвар | |
| 15 | п | 11.1 | 1142 | 1382 | 17 500 001 | 19 000 000 | Acen | |
| 15 | q | 11.1 | 1382 | 1487 | 19 000 001 | 20 500 000 | Acen | |
| 15 | q | 11.2 | 1487 | 1773 | 20 500 001 | 25 500 000 | гнег | |
| 15 | q | 12 | 1773 | 1968 г. | 25 500 001 | 27 800 000 | gpos | 50 |
| 15 | q | 13,1 | 1968 г. | 2164 | 27 800 001 | 30 000 000 | гнег | |
| 15 | q | 13,2 | 2164 | 2284 | 30 000 001 | 30 900 000 | gpos | 50 |
| 15 | q | 13,3 | 2284 | 2524 | 30 900 001 | 33 400 000 | гнег | |
| 15 | q | 14 | 2524 | 2765 | 33 400 001 | 39 800 000 | gpos | 75 |
| 15 | q | 15.1 | 2765 | 2975 | 39 800 001 | 42 500 000 | гнег | |
| 15 | q | 15,2 | 2975 | 3065 | 42 500 001 | 43 300 000 | gpos | 25 |
| 15 | q | 15.3 | 3065 | 3245 | 43 300 001 | 44 500 000 | гнег | |
| 15 | q | 21,1 | 3245 | 3471 | 44 500 001 | 49 200 000 | gpos | 75 |
| 15 | q | 21,2 | 3471 | 3621 | 49 200 001 | 52 600 000 | гнег | |
| 15 | q | 21,3 | 3621 | 3846 | 52 600 001 | 58 800 000 | gpos | 75 |
| 15 | q | 22,1 | 3846 | 3982 | 58 800 001 | 59 000 000 | гнег | |
| 15 | q | 22,2 | 3982 | 4087 | 59 000 001 | 63 400 000 | gpos | 25 |
| 15 | q | 22.31 | 4087 | 4252 | 63 400 001 | 66 900 000 | гнег | |
| 15 | q | 22,32 | 4252 | 4357 | 66 900 001 | 67 000 000 | gpos | 25 |
| 15 | q | 22,33 | 4357 | 4507 | 67 000 001 | 67 200 000 | гнег | |
| 15 | q | 23 | 4507 | 4613 | 67 200 001 | 72 400 000 | gpos | 25 |
| 15 | q | 24,1 | 4613 | 4748 | 72 400 001 | 74 900 000 | гнег | |
| 15 | q | 24,2 | 4748 | 4808 | 74 900 001 | 76 300 000 | gpos | 25 |
| 15 | q | 24,3 | 4808 | 4928 | 76 300 001 | 78 000 000 | гнег | |
| 15 | q | 25,1 | 4928 | 5048 | 78 000 001 | 81 400 000 | gpos | 50 |
| 15 | q | 25,2 | 5048 | 5169 | 81 400 001 | 84 700 000 | гнег | |
| 15 | q | 25,3 | 5169 | 5379 | 84 700 001 | 88 500 000 | gpos | 50 |
| 15 | q | 26,1 | 5379 | 5649 | 88 500 001 | 93 800 000 | гнег | |
| 15 | q | 26,2 | 5649 | 5860 | 93 800 001 | 98 000 000 | gpos | 50 |
| 15 | q | 26,3 | 5860 | 6070 | 98 000 001 | 101 991 189 | гнег |
использованная литература
Конкретные ссылки:
Общие ссылки:
- Биттел, округ Колумбия, Батлер MG (2005). «Синдром Прадера-Вилли: клиническая генетика, цитогенетика и молекулярная биология» . Эксперт Rev Mol Med . 7 (14): 1–20. DOI : 10.1017 / S1462399405009531 . PMC 6750281 . PMID 16038620 .
- Биттел DC, Кибирева Н, Талебизаде З., Батлер М.Г. (2003). «Микроматричный анализ экспрессии гена / транскрипта при синдроме Прадера-Вилли: делеция по сравнению с UPD» . J Med Genet . 40 (8): 568–574. DOI : 10.1136 / jmg.40.8.568 . PMC 1735542 . PMID 12920063 .
- Bittel DC, Кибирева N, Талебизаде Z, Driscoll DJ, Батлер MG (2005). «Микроматричный анализ экспрессии гена / транскрипта при синдроме Ангельмана: делеция по сравнению с UPD» . Геномика . 85 (1): 85–91. DOI : 10.1016 / j.ygeno.2004.10.010 . PMC 6800218 . PMID 15607424 .
- Боргатти Р., Пиччинелли П., Пассони Д., Далпра Л., Миоццо М., Микели Р., Гальярди С., Балоттин Ю. (2001). «Связь между клиническими и генетическими особенностями у пациентов с« инвертированной дублированной хромосомой 15 »». Pediatr Neurol . 24 (2): 111–116. DOI : 10.1016 / S0887-8994 (00) 00244-7 . PMID 11275459 .
- Батлер М.Г., Биттел Д.К., Кибирева Н., Талебизаде З., Томпсон Т. (2004). «Поведенческие различия среди субъектов с синдромом Прадера-Вилли и типом делеции I или типа II и материнской дисомией» . Педиатрия . 113 (3 Pt 1): 565–573. DOI : 10.1542 / peds.113.3.565 . PMC 6743499 . PMID 14993551 .
- Кэссиди С.Б., Дайкенс Э., Уильямс, Калифорния (2000). «Синдромы Прадера-Вилли и Ангельмана: сестринские запечатленные расстройства». Am J Med Genet . 97 (2): 136–146. DOI : 10.1002 / 1096-8628 (200022) 97: 2 <136 :: АИД-AJMG5> 3.0.CO; 2-V . PMID 11180221 .
- Клейтон-Смит Дж, Лаан Л. (2003). «Синдром Ангельмана: обзор клинических и генетических аспектов» . J Med Genet . 40 (2): 87–95. DOI : 10.1136 / jmg.40.2.87 . PMC 1735357 . PMID 12566516 .
- Гилберт Ф (1999). «Гены и хромосомы болезней: карты болезней генома человека. Хромосома 15». Genet Test . 3 (3): 309–322. DOI : 10.1089 / 109065799316653 . PMID 10495933 .
- Ли С., Веврик Р. (2000). «Идентификация новых импринтированных транскриптов в области делеции синдрома Прадера-Вилли и синдрома Ангельмана: дальнейшие доказательства регионального контроля импринтинга» . Am J Hum Genet . 66 (3): 848–858. DOI : 10.1086 / 302817 . PMC 1288168 . PMID 10712201 .
- Райнир С., Финукейн Б., Саймон Э. У. (1998). «Симптомы аутизма у детей и молодых людей с изодицентрической хромосомой 15». Am J Med Genet . 81 (5): 428–433. DOI : 10.1002 / (SICI) 1096-8628 (19980907) 81: 5 <428 :: AID-AJMG12> 3.0.CO; 2-E . PMID 9754629 .
- Золлино М., Тициано Ф., Ди Стефано С., Нери Г. (1999). «Частичная дупликация длинного плеча хромосомы 15: подтверждение причинной роли в краниосиностозе и определение синдрома трисомии 15q25-qter». Am J Med Genet . 87 (5): 391–394. DOI : 10.1002 / (SICI) 1096-8628 (19991222) 87: 5 <391 :: AID-AJMG4> 3.0.CO; 2-O . PMID 10594876 .
внешние ссылки
- Национальные институты здоровья. «Хромосома 15» . Домашний справочник по генетике . Архивировано из оригинала 3 августа 2004 года . Проверено 6 мая 2017 .
- «Хромосома 15» . Информационный архив проекта "Геном человека" 1990–2003 гг . Проверено 6 мая 2017 .