Тандемный повтор - Tandem repeat

Тандемные повторы возникают в ДНК, когда последовательность из одного или нескольких нуклеотидов повторяется, и повторы непосредственно примыкают друг к другу. Некоторые белковые домены также образуют тандемные повторы в своей аминокислотной первичной структуре, такие как повторы броненосца . Однако в белках идеальные тандемные повторы маловероятны в большинстве белков in vivo , и наиболее известные повторы находятся в разработанных белках.

Примером может быть:

ATTCG ATTCG ATTCG

в котором последовательность ATTCG повторяется трижды.

Терминология

Когда повторяются от 10 до 60 нуклеотидов, это называется минисателлитом . Те, у которых меньше, известны как микросателлиты или короткие тандемные повторы .

Когда повторяются ровно два нуклеотида, это называется динуклеотидным повтором (например: ACACACAC ...). Нестабильность микросателлитная в наследственном раке толстой кишки полипоза наиболее часто поражает такие регионы.

Когда три нуклеотида повторяются, это называется тринуклеотидным повтором (например, CAGCAGCAGCAG ...), и аномалии в таких областях могут вызывать нарушения тринуклеотидного повтора .

Когда количество копий повторяющейся единицы изменяется в рассматриваемой популяции, это называется тандемным повторением переменного количества (VNTR). MeSH классифицирует тандемные повторы с переменным числом под мини-спутниками.

Механизм

Тандемные повторы могут происходить по разным механизмам. Например, ошибочное спаривание соскальзывающей цепи (SSM) (также известное как проскальзывание репликации ) - это процесс мутации, который происходит во время репликации ДНК. Он включает денатурацию и смещение цепей ДНК, что приводит к неправильному спариванию комплементарных оснований. Неправильное спаривание со скользящей цепью - одно из объяснений происхождения и эволюции повторяющихся последовательностей ДНК.

Другие механизмы включают неравный кроссовер и генную конверсию .

Использует

Тандемный повтор описывает образец, который помогает определить унаследованные черты человека.

Тандемные повторы могут быть очень полезны при определении отцовства . Короткие тандемные повторы используются для определенных генеалогических тестов ДНК . ДНК исследуется с микросателлитов в хромосомной ДНК. Отцовство можно определить по сходству в этих регионах.

Полиморфные тандемные повторы (псевдонимы VNTR) также присутствуют в микроорганизмах и могут использоваться для отслеживания происхождения вспышки. Соответствующий анализ, в котором набор VNTR типизирован для характеристики штамма, чаще всего называют MLVA (анализ множественных локусов VNTR).

В области информатики тандемные повторы в строках (например, последовательности ДНК) могут быть эффективно обнаружены с использованием суффиксных деревьев или массивов суффиксов .

Исследования 2004 года связали необычную генетическую пластичность собак с мутациями в тандемных повторах.

Смотрите также

Ссылки

внешняя ссылка