Enterobacterales - Enterobacterales

Enterobacterales
Citrobacter freundii , член заказа
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Протеобактерии
Класс:	Гаммапротеобактерии
Заказ:	Enterobacterales Adeolu et al., 2016
Семьи
Budviciaceae Энтеробактерии Erwiniaceae Hafniaceae Morganellaceae Пектобактерии Yersiniaceae Роды incertae sedis Араникола Averyella Гримонтелла Гухайинггелла Маргалефия Фитобактер Плезиомонады Tiedjeia
Синонимы
Энтеробактерии

Enterobacterales - это отряд грамотрицательных неспорообразующих, факультативно анаэробных палочковидных бактерий класса Gammaproteobacteria . Типовой род этого отряда - Enterobacter .

Название Enterobacterales происходит от латинского термина Enterobacter , относящегося к типу рода отряда, и суффикса «-ales», окончания, используемого для обозначения порядка. Вместе Enterobacterales относятся к отряду, номенклатурным типом которого является род Enterobacter .

Историческая идентификация и систематика

Enterobacterales был предложен в 2005 году под названием «Enterobacteriales». Однако название «Enterobacteriales» не было подтверждено в соответствии с правилами Международного кодекса номенклатуры прокариот , поэтому ему не хватало номенклатуры, поэтому название было написано в скобках. «Энтеробактерии» были монотипическим отрядом , включающим только семейство Enterobacteriaceae и разделявшим его типовой род Escherichia . Отряд состоял из большой и разнообразной группы видов, занимающих отдельные экологические ниши и обладающих разнообразными биохимическими характеристиками. Многие роды в порядке оказывают существенное влияние на деятельность человека, таких , как патогенных видов кишечной палочки , сальмонелла энтерика , и чумная палочка , а также сельское хозяйство причинение вреда фитопатогенов , такие как члены родов Dickeya , Pectobacterium , Brenneria , Erwinia и Pantoea . Большое количество видов, а также ряд различных биохимических характеристик сделали описание отряда и его подгрупп чрезвычайно трудным. Присвоение и классификация этого порядка в значительной степени основывались на последовательностях генома 16S рРНК, которые, как известно, обладают низкой дискриминационной способностью и дают разные результаты в зависимости от используемого алгоритма и штамма организма. Кроме того, эти анализы показали, что «Enterobacteriales» демонстрируют полифилетическое разветвление с отдельными подгруппами.

В 2016 году «Enterobacteriales» было предложено реклассифицировать как Enterobacterales, а типовой род изменить на Enterobacter в соответствии с Международным кодексом номенклатуры прокариот. Кроме того, было предложено несколько новых семейств в пределах отряда Enterobacterales, состоящих из видов, которые ранее были членами семейства Enterobacteriaceae на основе группировок, обнаруженных в филогенетических деревьях, построенных на основе консервативных геномов, последовательностей 16S рРНК и анализа последовательностей нескольких локусов, а также независимого анализа. молекулярные маркеры ( консервативные индели сигнатуры ).

По состоянию на 2021 год отряд Enterobacterales включает 7 официально опубликованных семейств ( Budviciaceae , Enterobacteriaceae , Erwiniaceae , Hafniaceae , Morganellaceae , Pectobacteriaceae и Yersiniaceae ).

Молекулярные подписи

Анализ геномных последовательностей видов Enterobacterales выявил пять консервативных сигнатурных инделей (CSI) для этого порядка в белках: пептидный переносчик пермеазы ABC, P-подобный белок фактора элонгации, YeiP, L-арабинозоизомераза , пирофосфатаза и гипотетический белок, который в большинстве случаев используются исключительно всеми или большинством членов этого ордена. Эти CSI обеспечивают молекулярные средства отделения этого порядка от других Gammaproteobacteria и поддерживают монофилетическую природу порядка Enterobacterales.

Роды

Филогения Enterobacterales

Pasteurellales ( внешняя группа )   Энтеробактерии   Budviciaceae       Morganellaceae       Hafniaceae       Yersiniaceae       Пектобактерии       Erwiniaceae     Энтеробактерии

Филогения Enterobacterales, предложенная в 2016 году. Pasteurellales используется в качестве внешней группы.

Правильно опубликованные роды

Следующие роды были официально опубликованы, поэтому они имеют «Номенклатуру». Год предложения рода указан в скобках после названия рода.

Candidatus родов

Предложены, но не получили статуса в номенклатуре

Рекомендации