Подтипы ВИЧ - Subtypes of HIV

Вирусы иммунодефицита человека
	Филогенетическое дерево из SIV и ВИЧ вирусов
Научная классификация
(без рейтинга):	Вирус
Царство :	Рибовирия
Королевство:	Парарнавиры
Тип:	Artverviricota
Класс:	Revtraviricetes
Порядок:	Ортервиралес
Семья:	Retroviridae
Подсемейство:	Orthoretrovirinae
Род:	Лентивирус
Включенные группы
	Вирус иммунодефицита человека 1; Вирус иммунодефицита человека 2;
Кладистически включенные, но традиционно исключенные таксоны
	Вирус иммунодефицита крупного рогатого скота; Вирус энцефалита артрита коз; Вирус инфекционной анемии лошадей; Вирус иммунодефицита кошек; Вирус болезни Джембраны; Лентивирус пума; Вирус обезьяньего иммунодефицита; Висна-маэди вирус;

Одним из препятствий для лечения вируса иммунодефицита человека (ВИЧ) является его высокая генетическая изменчивость. ВИЧ можно разделить на два основных типа: ВИЧ-тип 1 (ВИЧ-1) и ВИЧ-тип 2 (ВИЧ-2). ВИЧ-1 связан с вирусами, обнаруженными у шимпанзе и горилл, живущих в Западной Африке, а вирусы ВИЧ-2 связаны с вирусами, обнаруженными в саже мангабе , уязвимом западноафриканском примате. Вирусы ВИЧ-1 можно разделить на группы. Вирусы ВИЧ-1 группы M преобладают и ответственны за пандемию СПИДа. Группа M может быть далее подразделена на подтипы на основе данных генетической последовательности. Известно, что некоторые из подтипов более вирулентны или устойчивы к различным лекарствам. Аналогичным образом, вирусы ВИЧ-2 считаются менее вирулентными и передающимися, чем вирусы группы М ВИЧ-1, хотя известно, что ВИЧ-2 также вызывает СПИД.

Основные типы

ВИЧ-1

ВИЧ-1 - наиболее распространенный и патогенный штамм вируса. Ежегодно происходит более 2 миллионов таких случаев заражения. Ученые делят ВИЧ-1 на основную группу (Группа M) и две или более второстепенных группы, а именно группы N, O и, возможно, группу P. Считается, что каждая группа представляет собой независимую передачу SIV человеку (но подтипы внутри группы не). Всего 39 ORF обнаружены во всех шести возможных рамках считывания (RF) полной последовательности генома ВИЧ-1, но только некоторые из них являются функциональными.

Группа М

Буква «M» означает «основной», это, безусловно, самый распространенный тип ВИЧ, при этом более 90% случаев ВИЧ / СПИДа происходят от инфицирования ВИЧ-1 группы M. Этот основной вирус ВИЧ, который был источником преждевременного заражения. Пандемические вирусы 1960-х годов возникли в 1920-х годах в Леопольдвилле , Бельгийское Конго , ныне известном как Киншаса, который в настоящее время является столицей Демократической Республики Конго (ДРК). Его зоонозное происхождение - SIVcpz, который поражает шимпанзе. Группа M подразделяется на клады, называемые подтипами, которым также присваивается буква. Существуют также «циркулирующие рекомбинантные формы» или CRF, полученные в результате рекомбинации между вирусами разных подтипов, каждому из которых присвоен номер. CRF12_BF, например, представляет собой рекомбинацию между подтипами B и F.

Подтип А распространен в Восточной Африке.
Подтип B является доминирующей формой в Европе, Америке, Японии и Австралии. Кроме того, подтип B является наиболее распространенной формой на Ближнем Востоке и в Северной Африке. Возможно, он был экспортирован из Африки, когда гаитянские специалисты посетили Киншасу в 1960-х годах и привезли его на Гаити в 1964 году.
Подтип C является доминирующей формой в Южной Африке, Восточной Африке, Индии, Непале и некоторых частях Китая.
Подтип D обычно встречается только в Восточной и Центральной Африке.
Подтип E встречается в Юго-Восточной Азии, который является доминирующей формой для гетеросексуалов, поскольку скорость передачи намного выше, чем у большинства других подтипов.
Подтип F был обнаружен в Центральной Африке, Южной Америке и Восточной Европе.
Подтип G (и CRF02_AG) был обнаружен в Африке и Центральной Европе.
Подтип H ограничен Центральной Африкой.
Подтип I первоначально использовался для описания штамма, который теперь учитывается как CRF04_cpx, с cpx для «сложной» рекомбинации нескольких подтипов.
Подтип J в основном встречается в Северной, Центральной и Западной Африке и Карибском бассейне.
Подтип K ограничен Демократической Республикой Конго (ДРК) и Камеруном.
Подтип L ограничен Демократической Республикой Конго (ДРК).

Пространственное перемещение этих подтипов перемещалось по железным и водным путям Демократической Республики Конго (ДРК) из Киншасы в эти другие районы. Эти подтипы иногда делятся на подтипы, такие как A1 и A2 или F1 и F2. В 2015 году было обнаружено, что штамм CRF19 , рекомбинант подтипа A, подтипа D и подтипа G, с протеазой подтипа D , сильно связан с быстрым прогрессированием СПИДа на Кубе . Это не считается полным или окончательным списком, и, вероятно, будут найдены другие типы.

Распространенность подтипа ВИЧ-1 в 2002 г.

Группа N

«N» означает «не-М, не-О». Эта группа была обнаружена франко-камерунской группой в 1998 году, когда они идентифицировали и изолировали вариантный штамм ВИЧ-1, YBF380, от камерунской женщины, которая умерла от СПИДа в 1995 году. При тестировании вариант YBF380 реагировал с антигеном оболочки из SIVcpz, а не группы M или O, что указывает на то, что это действительно был новый штамм ВИЧ-1. По состоянию на 2015 год было зарегистрировано менее 20 инфекций группы N.

Группа O

Группа O ("Outlier") заразила около 100 000 человек, проживающих в Западной и Центральной Африке, и обычно не встречается за пределами этой области. Сообщается, что он наиболее распространен в Камеруне, где исследование 1997 года показало, что около 2% ВИЧ-положительных образцов были из группы O. Его зоонозное происхождение - SIVgor, который заражает горилл (а не более распространенный источник, SIVcpz). Эта группа вызвала некоторую озабоченность, поскольку ее нельзя было обнаружить ранними версиями наборов для тестирования на ВИЧ-1. В настоящее время разработаны более совершенные тесты на ВИЧ для выявления как группы O, так и группы N.

Группа P

В 2009 году было сообщено, что недавно проанализированная последовательность ВИЧ имеет большее сходство с вирусом иммунодефицита обезьян, недавно обнаруженным у диких горилл (SIVgor), чем с вирусами вируса иммунодефицита шимпанзе (SIVcpz). Вирус был изолирован от камерунской женщины, проживающей во Франции, у которой в 2004 году была диагностирована инфекция ВИЧ-1. Ученые, сообщившие об этой последовательности, поместили его в предложенную группу P «в ожидании выявления новых случаев заболевания людей».

ВИЧ-2

ВИЧ-2 не получил широкого распространения за пределами Африки. Первая идентификация ВИЧ-2 произошла в 1985 году в Сенегале микробиологом Сулейманом Мбупом и его сотрудниками. Первый случай заболевания в США произошел в 1987 году. Первым подтвержденным случаем ВИЧ-2 стал португальский мужчина, который лечился в Лондонской больнице тропических болезней и позже умер в 1978 году. Считалось, что он заразился этой болезнью в 1978 году. Гвинея-Бисау, где он жил с 1956 по 1966 год. Его патологическим диагнозом в то время была криптоспоридиозная инфекция и энтеровирусная инфекция, но анализ его сохраненной сыворотки в 1987 году показал, что он был инфицирован ВИЧ-2.

Многие наборы для тестирования на ВИЧ-1 также обнаруживают ВИЧ-2.

По состоянию на 2010 год известно восемь групп ВИЧ-2 (от A до H). Из них только группы A и B являются пандемическими. Группа A встречается в основном в Западной Африке, но также распространилась по всему миру в Анголу , Мозамбик , Бразилию, Индию, Европу и США. Несмотря на присутствие ВИЧ-2 во всем мире, Группа B в основном ограничена Западной Африкой. Несмотря на его относительную ограниченность, ВИЧ-2 следует рассматривать у всех пациентов с симптомами ВИЧ, которые не только происходят из Западной Африки, но также и у всех, кто перенес какой-либо перенос биологических жидкостей с человеком из Западной Африки (например, совместное использование игл, половые контакты, так далее.).

ВИЧ-2 тесно связан с вирусом обезьяньего иммунодефицита, эндемичным для сажистых мангабеев ( Cercocebus atys atys ) (SIVsmm), вида обезьян, населяющих леса прибрежной зоны Западной Африки. Филогенетический анализ показывает, что вирусом, наиболее близким к двум штаммам ВИЧ-2, которые широко распространены среди людей (группы А и В), является вирус SIVsmm, обнаруженный в заросших сажей мангабеях леса Тай на западе Кот-д'Ивуара .

Есть еще шесть известных групп ВИЧ-2, каждая из которых была обнаружена только у одного человека. Похоже, что все они произошли от независимых передач людей от закопченных мангабеев. Группы C и D были обнаружены у двух человек из Либерии , группы E и F были обнаружены у двух человек из Сьерра-Леоне , а группы G и H были обнаружены у двух человек из Кот-д'Ивуара. Каждый из этих штаммов ВИЧ-2, для которых люди, вероятно, являются тупиковыми хозяевами , наиболее тесно связан со штаммами SIVsmm из сажистых мангабеев, живущих в той же стране, где была обнаружена человеческая инфекция.

Диагностика

Диагноз ВИЧ-2 может быть поставлен, если у пациента нет симптомов, но есть положительный результат анализа крови, указывающий на наличие ВИЧ. Экспресс-тест Multispot HIV-1 / HIV-2 в настоящее время является единственным одобренным FDA методом для такой дифференциации между двумя вирусами. Рекомендации по скринингу и диагностике ВИЧ всегда заключались в использовании иммуноферментных анализов, которые выявляют ВИЧ-1, ВИЧ-1 группы О и ВИЧ-2. При скрининге комбинации, если тест дает положительный результат, после чего следует неопределенный вестерн-блоттинг на ВИЧ-1 , необходимо провести последующий тест, такой как анализ на аминокислоты , чтобы определить, какая инфекция присутствует. Согласно NIH, дифференциальный диагноз ВИЧ-2 должен рассматриваться, когда человек имеет западноафриканское происхождение или имел сексуальный контакт или общие иглы с таким человеком. Западная Африка подвергается наибольшему риску, поскольку она является источником вируса.

Лечение

Было обнаружено, что ВИЧ-2 менее патогенен, чем ВИЧ-1. Механизм передачи ВИЧ-2 четко не определен, равно как и отличия от ВИЧ-1, однако скорость передачи ВИЧ-2 намного ниже, чем у ВИЧ-1. Обе инфекции могут привести к СПИДу у пораженных людей, и обе могут мутировать, чтобы развить лекарственную устойчивость. Мониторинг заболевания у пациентов с ВИЧ-2 включает клиническую оценку и подсчет клеток CD4, в то время как лечение включает антиретровирусную терапию (АРТ), нуклеозидные ингибиторы обратной транскриптазы (НИОТ), ингибиторы протеазы (ИП) и ненуклеозидные ингибиторы обратной транскриптазы (ННИОТ). ) с добавлением антагонистов корецепторов CCR5 и ингибиторов слияния .

Выбор начальной и / или второй линии терапии ВИЧ-2 еще не определен. ВИЧ-2, по-видимому, внутренне устойчив к ННИОТ, но может быть чувствителен к НИОТ, хотя механизм этого недостаточно изучен. Ингибиторы протеазы показали переменный эффект, в то время как ингибиторы интегразы также оцениваются. Также изучаются комбинированные режимы перечисленных выше терапий, которые также демонстрируют переменный эффект в зависимости от типов комбинированных терапий. Хотя механизмы не совсем понятны для ВИЧ-1 и ВИЧ-2, известно, что они используют разные пути и схемы, что делает алгоритмы, используемые для оценки мутаций, связанных с устойчивостью к ВИЧ-1, несущественными для ВИЧ-2.

Каждый вирус может заразиться индивидуально, или они могут заразиться вместе, что называется коинфекцией. Похоже, что ВИЧ-2 имеет более низкие показатели смертности, менее серьезные симптомы и более медленное прогрессирование до СПИДа, чем только ВИЧ-1 или сопутствующая инфекция. Однако при коинфекции это во многом зависит от того, какой вирус заразился первым. ВИЧ-1 имеет тенденцию конкурировать с ВИЧ-2 в отношении прогрессирования заболевания. Коинфекция, кажется, становится все более серьезной проблемой во всем мире с течением времени, при этом большинство случаев выявляется в странах Западной Африки, а некоторые случаи - в США.

Беременность

При контакте с беременной матерью обследование проводится в обычном режиме. При наличии ВИЧ-2 можно назначить ряд перинатальных АРТ в качестве профилактического средства для снижения риска передачи инфекции от матери ребенку. После рождения ребенка следует начать стандартный шестинедельный режим этих профилактических средств. Грудное молоко также может содержать частицы ВИЧ-2; Таким образом, кормление грудью категорически не рекомендуется.

Эволюция

Быстрая эволюция ВИЧ может быть объяснена высокой частотой его мутаций. На ранних стадиях мутации эволюция кажется нейтральной из-за отсутствия эволюционного ответа. Однако при исследовании вируса у нескольких разных людей можно обнаружить конвергентные мутации, появляющиеся в этих вирусных популяциях независимо.

Развитие ВИЧ в организме хозяина влияет на факторы, в том числе на заданную вирусную нагрузку вируса . Если вирус имеет низкую заданную вирусную нагрузку, хозяин будет жить дольше, и существует большая вероятность того, что вирус будет передан другому человеку. Если вирус имеет высокую вирусную нагрузку, хозяин будет жить меньше времени и вероятность передачи вируса другому человеку будет ниже. ВИЧ эволюционировал, чтобы увеличить число инфекций для других хозяев, и эта тенденция отбора в пользу промежуточных штаммов показывает, что ВИЧ подвергается стабилизирующему отбору.

Вирус также стал более заразным между хозяевами. Есть три различных механизма, которые позволяют ВИЧ развиваться на популяционном уровне. Один из них включает непрерывную борьбу за развитие и преодоление иммунной системы, которая замедляет эволюцию ВИЧ и смещает фокус вируса на популяционный уровень. Другой включает медленное развитие вирусной нагрузки из-за того, что мутации вирусной нагрузки нейтральны в организме хозяина. Последний механизм фокусируется на предпочтении вируса передавать исходные вирусные штаммы, хранящиеся на ранних стадиях заражения. Это предпочтение вируса передавать сохраненные копии генома объясняет, почему ВИЧ быстрее развивается внутри хозяина, чем между хозяевами.

ВИЧ переходит в более легкую форму, но «ужасно долгий путь», чтобы перестать быть смертельным.

Мутации устойчивости к лекарствам

Изоляты ВИЧ-1 и ВИЧ-2 с устойчивостью к антиретровирусным препаратам возникают в результате естественного отбора и генетических мутаций, которые отслеживаются и анализируются. Стэнфордская база данных по устойчивости к лекарствам против ВИЧ и Международное общество по СПИДу публикуют списки наиболее важных из них; за первый год перечислено 80 распространенных мутаций, а за последний год - 93 распространенных мутации, и он доступен через Стэнфордскую базу данных последовательностей ВИЧ и протеаз .

Languages

In other projects