Набор тегов для статей журнала - Journal Article Tag Suite

"JATS" перенаправляется сюда. Для использования в других целях, см Джат (значения) .
Jats-logo.jpg
Положение дел Опубликовано
Впервые опубликовано 31 марта 2003 г. ( 2003-03-31 )
Последняя версия NISO JATS 1.2
8 февраля 2019 г. ( 2019-02-08 )
Организация
Авторы
Базовые стандарты XML
Связанные стандарты
Домен
Сокращенное название JATS
Веб-сайт jats .nlm .nih .gov

Набор тегов для статей журнала ( JATS ) - это формат XML , используемый для описания научной литературы, публикуемой в Интернете. Это технический стандарт, разработанный Национальной организацией информационных стандартов (NISO) и одобренный Американским национальным институтом стандартов под кодом Z39.96-2012 .

Проект NISO был продолжением работы, проделанной NLM / NCBI , и популяризирован PubMed Central NLM как фактический стандарт для архивирования и обмена научными журналами с открытым доступом и их содержимым с помощью XML .

Благодаря стандартизации NISO инициатива NLM получила более широкий охват, и несколько других репозиториев, таких как SciELO и Redalyc , приняли форматирование XML для научных статей .

JATS предоставляет набор элементов и атрибутов XML для описания текстового и графического содержания журнальных статей, а также некоторых материалов, не относящихся к статьям, таких как письма, редакционные статьи, обзоры книг и продуктов. JATS позволяет описывать полное содержание статьи или только метаданные заголовка статьи; и позволяет размещать другие виды контента, включая исследовательские и не исследовательские статьи, письма, редакционные статьи, обзоры книг и продуктов.

История

С момента своего появления пакет NLM Archiving and Interchange DTD от NCBI стал де-факто стандартом разметки журнальных статей в научных публикациях . С появлением NISO JATS он стал настоящим стандартом . Даже без обмена общедоступными данными преимущества внедрения NISO JATS позволяют издателям упростить производственные рабочие процессы и оптимизировать взаимодействие систем.

Лента новостей

NLM JATS
NLM JATS, версия 1
  • 31 марта 2003 г . : Представлен NLM DTD v1.0. ( 2003-03-31 )
  • 5 ноября 2003 г . : выпущено обновление версии 1.1. ( 2003-11-05 )
NLM JATS, версия 2
  • 30 декабря 2004 г . : выпущено основное обновление версии 2.0. Он разработан для поддержки лучших практик настройки. ( 2004-12-30 )
  • 14 ноября 2005 г . : Выпущено обновление версии 2.1 с добавлением DTD создания статей . ( 2005-11-14 )
  • 8 июня 2006 г . : выпущено обновление версии 2.2. ( 2006-06-08 )
  • 28 марта 2007 г . : выпущено обновление версии 2.3. ( 2007-03-28 )
NLM JATS, версия 3
  • 21 ноября 2008 г . : выпущено основное обновление версии 3.0. ( 21.11.2008 )
NISO JATS
NISO JATS, версия 1.0
  • 30 марта 2011 г.  - 30 сентября 2011 г . : выпущен первый черновик, NISO Z39.96.201x версии 0.4; шестимесячный период комментариев. ( 2011-03-30 ) ( 2011-09-30 )
  • 15 июля 2012 г . : NISO JATS v1.0 получил одобрение NISO. ( 2012-07-15 )
  • 9 августа 2012 г . : NISO JATS v1.0 получил одобрение ANSI. ( 2012-08-09 )
  • 22 августа 2012 г . : опубликован ANSI / NISO Z39.96-2012, JATS: набор тегов для статей журнала (версия 1.0). Он поддерживает полную обратную совместимость с NLM JATS v3.0. ( 2012-08-22 )
NISO JATS, версия 1.1
  • 9 декабря 2013 г . : выпущен первый черновик NISO JATS v1.1d1. ( 2013-12-09 )
  • 29 декабря 2014 г . : выпущен второй проект, NISO JATS, v1.1d2. ( 2014-12-29 )
  • 14 апреля 2015 г . : выпущен третий проект, NISO JATS, v1.1d. ( 2015-04-14 )
  • 22 октября 2015 г . : NISO JATS v1.1 получил одобрение NISO. ( 2015-10-22 )
  • 19 ноября 2015 г . : NISO JATS, v1.1 получил одобрение ANSI ( 2015-11-19 )
  • 6 января 2016 г . : опубликован ANSI / NISO Z39.96-2015, JATS: набор тегов для статей журнала, версия 1.1. ( 2016-01-06 )
NISO JATS, версия 1.2
  • 20 июля 2017 г . : выпущен первый черновик NISO JATS v1.2d1. ( 2017-07-20 )
  • 23 мая 2018 г . : выпущен первый черновик NISO JATS v1.2d2. ( 2018-05-23 )
  • 8 февраля 2019 г . : опубликован ANSI / NISO Z39.96-2019, JATS: набор тегов для статей журнала, версия 1.2. ( 2019-02-08 )
NISO JATS, версия 1.3
  • 7 июля 2021 г . : опубликован ANSI / NISO Z39.96-2021, JATS: набор тегов для статей журнала, версия 1.3. ( 2021-07-07 )

Технический объем

По замыслу, это модель для журнальных статей, таких как типичная исследовательская статья, найденная в журнале STM , а не модель для полных журналов.

Наборы тегов

3 спецификации. Из-за их цветовой кодировки документации, в разговорной речи упоминаются по цвету.

Есть три набора тегов:

Журнал Архивирование и Interchange ( зеленый )
«Самый разрешительный из наборов тегов», в первую очередь предназначенный для сбора и архивирования существующих данных журнала.
Издание журнала ( синий )
«Набор тегов умеренно предписывающего характера», предназначенный для общего использования при производстве и публикации журналов.
Формально эта модель является подмножеством модели архивирования . Это наиболее часто используемый вариант JATS.
Создание статей ( оранжевый )
«Самый строгий [самый строгий и самый маленький] из наборов тегов», предназначенный для относительно легкого создания журнальных статей, подходящих для JATS.
Формально эта модель является подмножеством модели публикации .

Определения типов документов (также выпущенные в форме RELAX NG и XML-схемы ) определяют каждый набор и включают другие стандарты, такие как MathML и XHTML Tables (хотя и не в пространстве имен XHTML ).

Структура документа

Набор публикаций JATS определяет документ, который является компонентом верхнего уровня журнала, например, статью, книгу или обзор продукта, или письмо в редакцию. Каждый такой документ состоит из вступительной части (обязательно) и до трех дополнительных частей. Они должны появляться в следующем порядке:

Лицевая сторона
Титульный лист статьи содержит метаданные для статьи (также называемые информацией заголовка статьи), например, название статьи, журнал, в котором она публикуется, дату и выпуск публикации для этого выпуска этого журнала, заявление об авторских правах и т. Д. Могут быть записаны метаданные как на уровне статьи, так и на уровне выпуска (в элементе <article-meta>), а также метаданные на уровне журнала (в элементе <journal-meta>).
Тело (статьи)
Тело статьи - это основное текстовое и графическое содержание статьи. Обычно он состоит из абзацев и разделов, которые сами могут содержать рисунки, таблицы, боковые панели (текст в рамке) и т. Д. Тело статьи необязательно для размещения тех репозиториев, которые просто хранят информацию заголовка статьи и не помечают текстовое содержимое.
Назад дело
Если таковой имеется, то последний материал статьи содержит дополнительную информацию к основному тексту, такую ​​как глоссарий, приложение или список цитируемой литературы.
Плавающий материал
Издатель может разместить все плавающие объекты в статье и ее задней части (например, таблицы, рисунки, боковые панели текста в рамке и т. Д.) В отдельный элемент-контейнер вне потока повествования для удобства обработки.

После передней части, тела, спины и плавающего материала может быть один или несколько ответов на статью или одно или несколько подчиненных статей.

Пример

Это минимальная структура статьи, 

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE article
  PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.0 20120330//EN"
         "JATS-journalpublishing1.dtd"
>
<article dtd-version="1.0" article-type="article" specific-use="migrated"
 xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" 
>
  <front>...</front>
  <body>...</body>
  <back>...</back>
</article>

DOCTYPEЗаголовок не является обязательным, в наследство от SGML и DTD ориентированных валидаторы . dtd-versionАтрибут может использоваться даже без заголовка DTD.

Корневой элемент articleявляется общим для любой версии JATS или "семейства JATS" как NLM DTD. Правила для front, bodyи backметких проверок, зависят от версии JATS, но все версии имеют одинаковую структуру, с хорошей совместимостью в диапазоне лет. Эволюция схемы сохраняет общую стабильность.

Менее распространенные варианты «только front», «только» frontи «только back» также используются для других окончаний, кроме представления полного содержания. Общий состав статьи (как выражение DTD-содержимого ) выглядит следующим образом: 

   (front, body?, back?, floats-group?, (sub-article* | response*))

Инструменты

Существует множество инструментов для создания, редактирования, преобразования и преобразования JATS. Они варьируются от простых форм до полной автоматизации преобразования:

Преобразование в JATS

Возьмите в качестве входных данных научный документ и при некоторой поддержке человека создайте выходные данные JATS.

  • Документы OpenOffice ( LibreOffice ) и MS Word в JATS:
    • Набор: предоставляет автоматизированный набор конвертеров для MS-Word в JATS XML .
    • OxGarage : может конвертировать документы из различных форматов в "Национальную медицинскую библиотеку (NLM) DTD 3.0".
    • meTypeset : meTypeset "- это ответвление стека OxGarage" "для преобразования из формата Microsoft Word .docx в NLM / JATS-XML".
    • eXtyles : автоматизирует трудоемкие аспекты редактирования документов в Microsoft Word и экспортирует в JATS XML (а также во многие другие DTD).
  • Уценки к JATS: Pandoc 2.0 может конвертировать множество входных форматов JATS.
  • PDF в JATS: это очень сложная проблема. Успех зависит от того, насколько хорошо структурированы ваши PDF-файлы, а при пакетном преобразовании - насколько последовательно структурированы ваши PDF-файлы.
    • Шабаш Меропс
    • Конвертер PDF в JATS XML
    • Проект Public Knowledge разрабатывает конвейер для преобразования PDF в JATS. Он будет включать использование pdfx .
    • Экстрактор содержимого CERMINE и MINEr

Конвертация из JATS

Возьмите JATS в качестве входных данных, создайте другой вид документа в качестве выходных.

  • из JATS в HTML
    • Таблицы стилей предварительного просмотра JATS (каноническое преобразование XSLT ), см. Классический (2013) конверсор.
    • eLife Lens конвертирует NLM XML в JSON для отображения с использованием HTML и Javascript.
  • из JATS в PDF: некоторые таблицы стилей предварительного просмотра JATS, преобразование XSLT + XSL-FO.
  • из JATS в EPUB.
  • Generic (из JATS DTD): DtdAnalyzer - сравните JATS с другими DTD и помогает в создании XML-представления, генерации XSLT и Schematron и других инструментов.

Редакторы

  • Typeset предоставляет редактор WYSIWYM для научных статей. Поддерживает экспорт XML в стандартах NISO JATS и NLM JATS. Он в основном используется журналами и издателями, которые хотят преобразовать отправленные автором файлы MS-Word в XML, PDF, HTML и ePuB.
  • JATS Framework для oXygen XML Editor: пользователи oXygen XML Editor и oXygen XML Author теперь могут установить поддержку текущих версий NISO JATS (и в качестве бонуса NLM BITS). На основе идентификатора, указанного в объявлении DOCTYPE, oXygen обнаружит, что вы редактируете документ JATS, и предоставит таблицы стилей и служебные программы.
  • FontoXML для JATS: редактор WYSIWYS для редактирования и просмотра содержимого JATS:
  • PubRef "Pipeline": браузер JATS-редактор с предварительным просмотром в реальном времени:
  • Annotum : тема WordPress, содержащая WYSIWYG-авторинг в JATS (подмножество Киплинга), рецензирование и редакционное управление, а также публикацию.
  • Выпуск JATS для веб-редактора XML Xeditor .
  • Редактор текстур консорциума Substance. Первый онлайн-редактор, рожденный JATS.
  • Libero Editor , разработанный eLife, описывает себя как «удобный интерфейс редактирования, предназначенный для сотрудников издателей и авторов для создания высококачественного JATS XML».

Предварительный просмотр

Инструменты, которые отображают JATS как HTML, обычно "на лету".

  • Таблицы стилей предварительного просмотра JATS: таблицы стилей предварительного просмотра JATS представляют собой серию файлов .xsl, .xpl, .css и .sch, которые создают версии .html или .pdf действительных файлов NISO Z39.96-2012 JATS 1.0. Он в первую очередь предназначен для внутреннего использования издателями и является основой для настройки.
  • Набор - позволяет генерировать HTML из JATS XML в один клик. Кроме того, предлагает возможность создания пользовательского HTML в соответствии с требованиями журнала.
  • PubReader - «Представление PubReader - это альтернативная веб-презентация ... Разработанный специально для повышения удобочитаемости на планшетах и ​​других устройствах с маленьким экраном, PubReader также можно использовать на настольных и портативных компьютерах и из нескольких веб-браузеров».

Настройка

  • Jatsdoc - создает документацию для любой конкретной настройки JATS. Jatsdoc интегрирован с NCBI DtdAnalyzer .

Центральные репозитории JATS

Поскольку NISO JATS начал де-факто и де-юре стандарт для журналов с открытым доступом , научное сообщество приняло репозитории JATS как своего рода обязательный депозит , который иногда считается более ценным, чем традиционные электронные библиотеки, где хранится только версия в формате PDF. Открытые знания нуждаются в более богатых и структурированных форматах, таких как JATS: PDF и JATS должны быть сертифицированы как «одинаковое содержание», а набор «PDF + JATS» образует единицу обязательного депозита. Список репозиториев JATS и содержащихся в нем:

  • PubMed Central : (пожалуйста, проверьте эти числа)
    • PubMed Central в США: в 2016 г. ~ 3,8 млн статей.
    • Европа PubMed Central : в 2016 г. ~ 3,7 млн ​​статей
  • SciELO : в 2016 г. ~ 0,6 млн статей

Эти репозитории частично перекрываются, и одна и та же статья может храниться в нескольких репозиториях.

Альтернативы и семантика

В 2012 году были предприняты некоторые попытки и эксперименты с использованием преобразования RDF , которые никак не повлияли на сообщество JATS.

Позже, примерно в 2016 году, для контекста семантической паутины , с инициативой SchemaOrg , был определен класс ScholarlyArticle , получивший лучший отклик . Это начальная «JATS-подобная стандартизация» для контекстов использования RDF.

Смотрите также

Относится к

Используется (цифровое хранение)

Используется (публикация)

Похожий на

использованная литература

дальнейшее чтение

внешние ссылки