Микромассив олигонуклеотидов, специфичных для метилирования - Methylation specific oligonucleotide microarray
Метилирование специфических олигонуклеотидные микрочип , также известные как MSO микрочип , были разработаны в качестве метода картирования эпигенетических метилирований изменений в ДНК в раковых клетках.
Общий процесс начинается с модификации ДНК бисульфитом , в частности, для превращения неметилированного цитозина в сайтах CpG в урацил, при этом метилированные цитозины остаются нетронутыми. Интересующий модифицированный участок ДНК амплифицируется с помощью ПЦР, и во время процесса урацилы превращаются в тимин. В ампликонах помечены с флуоресцентным красителем и гибридизовали с олигонуклеотидными зондами , которые фиксируются на предметном стекло. Зонды по-разному связываются с остатками цитозина и тимина, что в конечном итоге позволяет различать метилированные и неметилированные сайты CpG соответственно.
Строится калибровочная кривая и сравнивается с результатами на микрочипе амплифицированных образцов ДНК. Это позволяет в целом количественно оценить долю метилирования, присутствующего в интересующей области.
Этот метод микроматрицы был разработан Тимом Хуэй-Мин Хуангом и его лабораторией и был официально опубликован в 2002 году.
Значение для исследований рака
Раковые клетки часто развивают атипичные паттерны метилирования в сайтах CpG в промоторах генов-супрессоров опухолей . Высокий уровень метилирования промотора приводит к подавлению регуляции соответствующих генов и является характеристикой канцерогенеза . Это одно из наиболее устойчивых изменений, наблюдаемых в опухолевых клетках на ранней стадии. Микроматрица олигонуклеотидов, специфичных для метилирования, позволяет с высоким разрешением и высокой пропускной способностью обнаруживать многочисленные события метилирования на промоторах нескольких генов. Таким образом, этот метод может быть использован для обнаружения аберрантного метилирования в промоторах супрессоров опухолей на ранней стадии и был использован при раке желудка, толстой кишки и многих других. Поскольку он позволяет обнаруживать наличие атипичных метилирований в раковых клетках, его также можно использовать для выявления основной причины злокачественного новообразования, будь то мутации в хромосомах или эпигенетические модификации, а также уровни транскрипции генов-супрессоров опухолей. находятся под влиянием. Интересное использование этого микроматрицы включает специфическую классификацию рака, основанную только на паттернах метилирования, такую как различие между классами лейкемии , предполагая, что разные классы рака демонстрируют относительно уникальные паттерны метилирования. Этот метод также был предложен для мониторинга лечения рака, которое включает изменение паттернов метилирования в мутантных раковых клетках.
Ссылки
внешняя ссылка
- Ресурсы, информация и специальные протоколы для анализа метилирования ДНК
- Программное обеспечение для анализа метилирования ДНК
 |
Эта статья о генетике - незавершенная . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |
 |
Эта статья по онкологии - незавершенная . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |