PubMed Central - PubMed Central

PubMed Central ( PMC ) - это бесплатный цифровой репозиторий, в котором хранятся полнотекстовые научные статьи открытого доступа , опубликованные в биомедицинских журналах и журналах по естественным наукам . Как одна из основных исследовательских баз данных, разработанная Национальным центром биотехнологической информации (NCBI), PubMed Central - это больше, чем просто хранилище документов. Материалы, поступающие в PMC, индексируются и форматируются с учетом расширенных метаданных , медицинской онтологии и уникальных идентификаторов, которые обогащают структурированные данные XML для каждой статьи. Контент в PMC может быть связан с другими базами данных NCBI и доступен через поисковые и поисковые системы Entrez , что еще больше повысит способность общественности обнаруживать, читать и использовать свои биомедицинские знания.

PubMed Central отличается от PubMed . PubMed Central - это бесплатный цифровой архив полных статей, доступный каждому из любого места через веб-браузер (с различными условиями для повторного использования). И наоборот, хотя PubMed - это база данных биомедицинских цитат и рефератов с возможностью поиска, полнотекстовая статья находится в другом месте (в печати или в Интернете, бесплатно или за платным доступом подписчика ).

По состоянию на декабрь 2018 года архив PMC содержал более 5,2 миллиона статей, причем вклады поступали от издателей или авторов, депонирующих свои рукописи в репозиторий в соответствии с Политикой общественного доступа NIH . Более ранние данные показывают, что с января 2013 года по январь 2014 года инициированные авторами депозиты превысили 103 000 статей за 12-месячный период. PMC определяет около 4000 журналов, которые в той или иной степени участвуют в размещении своего опубликованного контента в репозитории PMC. Некоторые издатели откладывают выпуск своих статей на PubMed Central на определенное время после публикации, называемое «периодом эмбарго», который варьируется от нескольких месяцев до нескольких лет в зависимости от журнала. (Наиболее распространены эмбарго на срок от шести до двенадцати месяцев.) PubMed Central - ключевой пример «систематического внешнего распространения третьей стороной», которое все еще запрещено соглашениями с участниками многих издателей.

Принятие

Запущенный в феврале 2000 года, репозиторий быстро разросся, поскольку политика общественного доступа NIH разработана таким образом, чтобы все исследования, финансируемые Национальными институтами здравоохранения (NIH), были доступны для всех, и, кроме того, многие издатели сотрудничают с NIH. предоставить свободный доступ к своим произведениям. В конце 2007 года был подписан Закон о консолидированных ассигнованиях 2008 года (HR 2764), который включал положение, обязывающее NIH изменить свою политику и требовать включения в PubMed Central полных электронных копий их рецензируемых исследований и выводов, полученных от NIH. исследовать. Эти статьи должны быть включены в течение 12 месяцев после публикации. Это первый случай, когда правительство США потребовало от агентства предоставить открытый доступ к исследованиям, и это эволюция политики 2005 года, когда NIH просил исследователей добровольно добавлять свои исследования в PubMed Central.

Британская версия системы PubMed Central, UK PubMed Central (UKPMC) , была разработана Wellcome Trust и Британской библиотекой в рамках группы из девяти британских спонсоров исследований. Эта система была запущена в январе 2007 года. 1 ноября 2012 года она была преобразована в Europe PubMed Central . Канадский член международной сети PubMed Central , PubMed Central Canada , был запущен в октябре 2009 года.

Язык разметки статей журнала "NLM Journal Publishing Tag Set" Национальной медицинской библиотеки находится в свободном доступе. Ассоциация Узнала и профессиональное сообщество издатели отмечают , что «это, вероятно, станет стандартом для подготовки академическую контента для обоего книг и журналов». Соответствующий DTD доступен для книг. Библиотека Конгресса США и Британская библиотека объявили о поддержке NLM DTD. Он также был популярен среди поставщиков услуг журналов.

С выпуском планов открытого доступа для многих агентств, помимо NIH, PMC находится в процессе превращения в репозиторий для более широкого круга статей. Сюда входит контент НАСА с интерфейсом, обозначенным как «PubSpace».

Технология

Статьи отправляются в PubMed Central издателями в XML или SGML с использованием различных DTD статей . Старые и крупные издатели могут иметь свои собственные установленные внутренние DTD, но многие издатели используют DTD NLM Journal Publishing (см. Выше).

Полученные статьи конвертируются через XSLT в очень похожее DTD NLM Archiving and Interchange. Этот процесс может выявить ошибки, которые будут отправлены издателю для исправления. Графика также преобразуется в стандартные форматы и размеры. Исходная и преобразованная формы архивируются. Преобразованная форма перемещается в реляционную базу данных вместе со связанными файлами для графики, мультимедиа или других связанных данных. Многие издатели также предоставляют PDF-файлы своих статей, и они доступны без изменений.

Библиографические цитаты анализируются и автоматически связываются с соответствующими рефератами в PubMed, статьями в PubMed Central и ресурсами на веб-сайтах издателей. Ссылки PubMed также ведут на PubMed Central. Неразрешимые ссылки, такие как журналы или отдельные статьи, еще не доступные в одном из этих источников, отслеживаются в базе данных и автоматически становятся «живыми», когда ресурсы становятся доступными.

Внутренняя система индексирования обеспечивает возможность поиска и осведомлена о биологической и медицинской терминологии , такой как родовые и патентованные названия лекарств, а также альтернативные названия организмов, болезней и анатомических частей.

Когда пользователь обращается к выпуску журнала, автоматически создается оглавление путем извлечения всех статей, писем, редакционных статей и т. Д. Для этого выпуска. Когда достигается фактический элемент, такой как статья, PubMed Central преобразует разметку NLM в HTML для доставки и предоставляет ссылки на связанные объекты данных. Это возможно, потому что различные входящие данные сначала были преобразованы в стандартные DTD и графические форматы.

В отдельном потоке отправки авторы, финансируемые NIH, могут размещать статьи в PubMed Central с помощью NIH Manuscript Submission (NIHMS). Отправленные таким образом статьи обычно проходят разметку XML для преобразования в NLM DTD.

Прием

Реакция на PubMed Central среди научного издательского сообщества варьируется от искреннего энтузиазма одних до осторожного беспокойства других.

Хотя PMC является желанным партнером издателей с открытым доступом в своей способности расширять открытие и распространение биомедицинских знаний, та же самая истина заставляет других беспокоиться о том, что трафик будет отвлекаться от опубликованной версии записи , а также об экономических последствиях сокращения читательской аудитории. как влияние на поддержание сообщества ученых в научных обществах. Анализ 2013 года обнаружил убедительные доказательства того, что публичные репозитории опубликованных статей несут ответственность за «отвлечение значительного числа читателей от веб-сайтов журналов» и что «эффект PMC со временем растет».

Библиотеки, университеты, сторонники открытого доступа, группы защиты здоровья потребителей и организации по защите прав пациентов приветствовали PubMed Central и надеются увидеть аналогичные репозитории с открытым доступом, разработанные другими федеральными финансовыми агентствами, чтобы свободно обмениваться любыми исследовательскими публикациями, которые стали результатом поддержки налогоплательщиков. .

Антельманское исследование издательского дела в открытом доступе показало, что в философии, политологии, электротехнике, электронной инженерии и математике статьи в открытом доступе имеют большее исследовательское влияние. Рандомизированное испытание обнаружило увеличение количества скачиваний контента статей в открытом доступе без преимущества цитирования по сравнению с доступом по подписке через год после публикации.

Политика NIH и работа с репозиториями открытого доступа послужили вдохновением для президентской директивы 2013 года, которая вызвала реакцию и в других федеральных агентствах.

В марте 2020 года PubMed Central ускорил процедуру депонирования полного текста публикаций о коронавирусе . NLM сделал это по запросу Управления научно-технической политики Белого дома и международных ученых, чтобы улучшить доступ для ученых, поставщиков медицинских услуг, новаторов в области интеллектуального анализа данных , исследователей в области искусственного интеллекта в области здравоохранения и широкой общественности.

PMCID

PMCID (идентификатор PubMed Central), также известный как справочный номер PMC, является библиографическим идентификатором для базы данных PubMed Central, так же как PMID является библиографическим идентификатором для базы данных PubMed . Однако эти два идентификатора различны. Он состоит из «PMC», за которым следует строка из семи цифр. Формат:

• PMCID: PMC1852221

Авторы, подающие заявку на получение награды NIH, должны указать PMCID в своей заявке.

Смотрите также

• Европа PubMed Central
• JATS (технология)
• MEDLINE , международная база данных по наукам о жизни и биомедицинской информации.
• PMID (идентификатор PubMed)
• PubMed Центральная Канада
• Redalyc (аналогичный проект, ориентированный на Латинскую Америку)
• SciELO (аналогичный сервис)

Рекомендации

Внешние ссылки

• Официальный веб-сайт
• Система представления данных национальных институтов здравоохранения (NIHMS)
• Политика общественного доступа NIH