Rsa РНК - Rsa RNA

Rsa РНК - это некодирующие РНК, обнаруженные в бактерии Staphylococcus aureus . Общее название произошло от их открытия и не подразумевает гомологии . Биоинформатическое сканирование выявило 16 семейств Rsa РНК, названных RsaA-K и RsaOA-OG. Другие, RsaOH-OX, были обнаружены благодаря RNomic подходу. Хотя РНК демонстрировали различные паттерны экспрессии, было показано, что многие из недавно открытых РНК являются Hfq- независимыми и большинство несут С- богатый мотив (UCCC).

RsaA

Подавляет трансляцию регулятора транскрипции MgrA за счет связывания с его мРНК, усиливает образование биопленок и снижает вирулентность бактерий. Другие мРНК: включая SsaA-подобные ферменты, участвующие в метаболизме пептидогликана, и секретируемый противовоспалительный белок FLIPr были подтверждены как прямые мишени для RsaA.

RsaE

Консенсусная вторичная структура RsaI (позже переименованная в RsaOG), показывающая его псевдоузел. Границы определяли с помощью картирования RACE в Staphylococcus aureus N315 . Взято из Marchais et al. , 2010 г. создано в Варне.

RsaE обнаружен у других представителей рода Staphylococcus, таких как Staphylococcus epidermidis и Staphylococcus saprophyticus, и является единственной Rsa РНК, обнаруженной за пределами этого рода, у Macrococcus caseolyticus и Bacillus . В Bacillus subtilis RsaE ранее был идентифицирован как ncr22. RsaE также последовательно обнаруживается ниже PepF, который кодирует олигоэндопептидазу F. Функция RsaE была обнаружена с помощью анализа нокаута гена и сверхэкспрессии гена - было обнаружено, что он регулирует экспрессию нескольких ферментов, участвующих в метаболизме, посредством антисмыслового связывания их мРНК .

Было показано, что RsaE регулируется присутствием оксида азота (NO). В Bacillus subtilis он контролирует экспрессию генов с функциями, связанными с окислительным стрессом и окислительно-восстановительными реакциями, и был переименован в RoxS (от «связанных с окислительным стрессом»).

РСАФ

У видов S.aureus RsaF расположен в той же межгенной области, что и RsaE, и перекрывается с 3'-концом RsaE примерно на 20 п.н. В отличие от RsaE, RsaF и его вышестоящий ген были идентифицированы только у видов S.aureus .

РСАК

RsaK находится в лидерной последовательности из GlcA мРНК , которая кодирует фермент , участвующий в глюкозо-специфической системы фосфотрансферазы . RsaK также содержит консервативную рибонуклеиновую антитерминаторную систему, распознаваемую белком GclT.

RsaI

RsaOG, также переименованный в RsaI, как полагают, тонко настраивает регуляцию токсинов или механизмы инвазии в S. aureus через транс-действующие механизмы. Его вторичная структура содержит псевдоузел, образованный между двумя высококонсервативными неспаренными последовательностями.

Паттерны выражения

Было обнаружено, что RsaD, EH и я высоко экспрессируются у S. aureus . Уровни экспрессии других Rsa РНК варьировались в различных условиях окружающей среды, например, RsaC индуцировался холодовым шоком, а RsaA индуцировался в ответ на осмотический стресс .

Гены RsaE и RsaF перекрываются у видов S.aureus, но, по-видимому, имеют противоположные паттерны экспрессии. Транскрипционная интерференция из-за перекрытия между мотивом распознавания σ A и потенциальным сайтом связывания σ B предлагается в качестве механизма, вызывающего дифференциальную экспрессию двух транскриптов.

Смотрите также

использованная литература

дальнейшее чтение