Одноцепочечный связывающий белок - Single-stranded binding protein
| SSB | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Кристаллическая структура PriB - первичного белка репликации ДНК Escherichia coli.
| |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Условное обозначение | SSB | ||||||||
| Pfam | PF00436 | ||||||||
| Клан пфам | CL0021 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR000424 | ||||||||
| ПРОФИЛЬ | PDOC00602 | ||||||||
| SCOP2 | 1kaw / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
| TCDB | 3.A.7 | ||||||||
| |||||||||
Одноцепочечные связывающие белки ( SSB ) - это класс белков, которые были идентифицированы как в вирусах, так и в организмах от бактерий до человека.
Вирусный SSB
| Viral_DNA_bp | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Одноцепочечный ДНК-связывающий белок (icp8) вируса простого герпеса-1
| |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Условное обозначение | Viral_DNA_bp | ||||||||
| Pfam | PF00747 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR000635 | ||||||||
| |||||||||
Хотя общая картина человеческого цитомегаловируса синтеза ДНК (ВГЧ-5) появляется типичной для герпесвирусов, некоторые новые признаки появляются.
Состав
В ICP8, одноцепочечном ДНК-связывающем белке вируса простого герпеса (HSV-1) (ssDNA-binding protein (SSB)), головка состоит из восьми альфа-спиралей . Передняя сторона области шеи состоит из пятицепочечного бета-листа и двух альфа-спиралей, тогда как задняя сторона представляет собой трехцепочечный бета-лист. Плечевая часть N-концевого домена содержит альфа-спираль и бета-спираль. область листа. Вирусом простого герпеса (ВПГ-1) ОБП, ICP8, является ядерным белком , который, наряду других белков репликации необходим для репликации вирусной ДНК во время литической инфекции.
Механизм
Шесть генов, общих для группы вируса герпеса, кодируют белки, которые, вероятно, составляют механизм репликационной вилки, включая двухсубъединичную ДНК-полимеразу, комплекс геликаза-примаза и одноцепочечный ДНК-связывающий белок. Человеческого вируса герпеса 1 (ВГЧ-1) одноцепочечной ДНК-связывающий белок ICP8 является 128kDa цинка металлопротеины . Фотоаффинное мечение показало, что область, охватывающая аминокислотные остатки 368-902, содержит сайт связывания одноцепочечной ДНК ICP8. В HHHV-1 UL5, UL8 и UL52 гены кодируют существенный гетеротримерных ДНК хеликазного-праймаз , который отвечает за сопутствующую ДНК размотки и праймер синтеза при вирусной вилке репликации ДНК. ICP8 может стимулировать раскручивание ДНК и обеспечивать обход ДНК, поврежденной цисплатином, путем рекрутирования геликазы-примазы в ДНК.
Бактериальный SSB
Белковые домены SSB в бактериях важны для поддержания метаболизма ДНК , а точнее репликации , репарации и рекомбинации ДНК . Он имеет структуру из трех бета-цепей и одного шестинитевого бета-листа с образованием димера .
Эукариотический белок репликации А
| Репликационный белок А | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| (гетеротример) | |||||||||||||
 Это изображение человеческого белка репликации A. Из PDB : 1L1O Proteopedia protein A Репликационный белок A
| |||||||||||||
| Функция | повреждение связывания ДНК, связывание одноцепочечной ДНК | ||||||||||||
| |||||||||||||
Белок репликации A является функциональным эквивалентом SSB в ядре эукариотических клеток, хотя гомологии последовательностей нет.
Эукариотические митохондриальные SSB
Митохондрии эукариотических клеток содержат собственный одноцепочечный ДНК-связывающий белок. Митохондриальный SSB человека (mtSSB) связывается с одноцепочечной митохондриальной ДНК в виде тетрамера и имеет сходство последовательности с бактериальным SSB. Человеческий mtSSB кодируется геном SSBP1 . У дрожжей он кодируется геном RIM1.
Роль в восстановлении генома и борьбе со старением
Недавно было обнаружено, что он 1. помогает защитить геном, 2. жизненно важен для стволовых клеток и 3. участвует в поддержании длины теломер.
Смотрите также
- ДНК-связывающий белок
- Репликационный белок А
- Сравнение программного обеспечения для моделирования нуклеиновых кислот
использованная литература
внешние ссылки
- Одноцепочечный + ДНК + связывание + белки в национальных медицинских предметных рубриках Национальной медицинской библиотеки США (MeSH)
- SSB в PFAM