Тэнди Варнов - Tandy Warnow
Тэнди Варнов | |
|---|---|
 Тэнди Варнов выступает на конференции Интеллектуальные системы для молекулярной биологии (ISMB) в 2018 году
| |
| Родившийся | Тэнди Джо Варнов |
| Альма-матер | Калифорнийский университет в Беркли (бакалавр, доктор философии) |
| Супруг (а) | Джордж Чако |
| Награды | |
| Научная карьера | |
| Поля |
Компьютерные науки Вычислительная биология Филогенетика Метагеномика Выравнивание множественных последовательностей |
| Учреждения |
Иллинойсский университет в Урбане-Шампейн, Пенсильванский университет Техасский университет |
| Тезис | Комбинаторные алгоритмы построения филогенетических деревьев (1991) |
| Докторант | Юджин Лоулер |
| Другие научные консультанты |
Майкл Уотерман Саймон Таваре |
| Докторанты | Луай Наклех |
| Веб-сайт | tandy |
Тэнди Варноу - американский ученый-компьютерщик и заслуженный руководитель инженерного факультета Университета Иллинойса в Урбане-Шампейне . Она известна своей работой по реконструкции эволюционных деревьев , как в биологии, так и в исторической лингвистике , а также методами множественного выравнивания последовательностей.
биография
Варнов закончила бакалавриат и аспирантуру по математике в Калифорнийском университете в Беркли , получив степень бакалавра в 1984 году и докторскую степень в 1991 году под руководством Юджина Лоулера . Другими членами ее диссертационного комитета были Ричард Карп , Мануэль Блюм , Дэн Гасфилд и Дэвид Гейл .
Исследования и карьера
После докторантуры в Университете Южной Калифорнии с 1991 по 1992 год (научные руководители Майкл Уотерман и Саймон Таваре ) и в Sandia National Laboratories в Альбукерке с 1992 по 1993 год она заняла должность преподавателя в Университете Пенсильвании , где оставалась до переезда. в 1999 году в Техасский университет. В 2014 году Варнов присоединилась к преподавательскому составу Университета Иллинойса в Урбане-Шампейне, где она является основателем, профессором инженерии и заместителем главы Департамента компьютерных наук. Варноу были любезно назначены на должности в отделах биологии животных, биоинженерии, электротехники и вычислительной техники, энтомологии, математики, биологии растений и статистики.
В 1995 году исследование Варноу, Дональда Ринга и Энн Тейлор из Пенсильванского университета, основанное на точных вычислениях филогении, предоставило исчерпывающую теорию определения времени ранних подразделений в индоевропейских языках . Их вычисления подтвердили индо-хеттскую гипотезу, согласно которой первым из этих подразделений, отделившихся от остальных индоевропейских языков, были анатолийские языки . Их результаты также подтверждают греко-армянскую гипотезу, согласно которой армянский язык и греческий язык составляют подсемейство индоевропейских. Они вписали германские языки в эволюционное древо индоевропейских языков, ранее считавшееся проблематичным, предполагая, что протогерманский язык был тесно связан с балто-славянскими языками, но затем был изменен миграциями на запад германских племен, которые привели их. в контакте с говорящими на курсиве и кельтском языке. Этот идеальный филогенетический подход позже был расширен Варноу и его коллегами, чтобы учесть необнаруженное заимствование между языками, так что эволюция языка моделируется сетью, а не деревом.
В 2009 году Варнов и ее коллеги выпустили свою программу SATé для совместной оценки множественных биологических выравниваний последовательностей и эволюционных деревьев. Их программное обеспечение в меньшей степени основано на твердых математических принципах, чем некоторые предыдущие методы совместной оценки (например, BAli-Phy), но оно значительно быстрее, что позволяет быстро создавать высокоточные деревья и выравнивания для тысяч видов. Для сравнения, низкая производительность предыдущих методов ограничивала их одновременным сравнением только нескольких десятков видов.
Ее работа с 2014 по 2018 год была сосредоточена на трех темах: масштабирование нескольких выравниваний последовательностей до сверхбольших наборов данных, оценка дерева видов с использованием нескольких генов (и устранение неоднородности дерева генов из-за неполной сортировки по происхождению ) и метагеномика. Ее основной вклад в эти темы включает метод PASTA для совместной оценки выравниваний и деревьев, который улучшает SATé и может производить высокоточные сопоставления до 1 000 000 последовательностей. Она также разработала метод ASTRAL для оценки деревьев видов, который представляет собой статистически согласованный метод построения деревьев видов при неполной сортировке по родословным.
Награды и почести
Warnow был назван Грейнджер отличительной кафедры в инженерии в 2020 году и основатель профессор инженерии в 2014 г. (как в Университете штата Иллинойс в Урбане-Шампане), и Дэвид Bruton младшего Centennial профессура в области компьютерных наук на Техасском университете в Остине в 2010. Warnow также получил Джон Саймон Guggenheim Foundation Fellowship в 2011 году в Radcliffe Institute Fellowship в 2003 году, Дэвида и Люсиль Пакард стипендий в 1996 году, и исследователь премии NSF Young в 1994 г. в 2015 году она была названа Fellow из Ассоциации for Computing Machinery (ACM) «За вклад в математическую теорию, алгоритмы и программное обеспечение для крупномасштабной молекулярной филогенетики и исторической лингвистики». В 2017 году она была избрана членом Международного общества вычислительной биологии (ISCB).
Личная жизнь
Матерью Варноу был известный архивист Джоан Варноу-Блюетт , а ее отцом был Мортон Варнов, сын лидера группы Марка Варноу и племянник композитора Рэймонда Скотта . Ее сестра-близнец - Киммен Шоландер , исследователь биоинформатики и преподаватель Калифорнийского университета. Она замужем за Джорджем Чако.