Карта разницы плотности - Difference density map

В рентгеновской кристаллографии , а карта разницы плотность показана пространственное распределение разности между измеренной плотностью электронов кристалла и плотностью электронов объясняются текущей моделью.

Эти коэффициенты выводятся из градиента функции правдоподобия наблюдаемых структурных факторов на основе текущей модели.

Дисплей

Обычно они отображаются в виде изоповерхностей с положительной плотностью - электронной плотностью, где в модели ничего нет, обычно соответствующей какой-либо составляющей кристалла, которая не была смоделирована, например, лиганду или адъютанту кристаллизации - зеленым и отрицательным плотность - части модели, не подкрепленные электронной плотностью, что указывает либо на то, что атом был разупорядочен из-за радиационного повреждения, либо на то, что он смоделирован не в том месте - красным.

Расчет

Карты разностной плотности обычно рассчитываются с использованием коэффициентов Фурье, которые представляют собой разности между наблюдаемыми амплитудами структурных факторов из эксперимента по дифракции рентгеновских лучей и рассчитанными амплитудами структурных факторов из текущей модели с использованием фазы из модели для обоих членов (поскольку фазы отсутствуют доступны для наблюдаемых данных). Два набора структурных факторов должны быть в одном масштабе. Теперь нормально также включать весовые коэффициенты, которые учитывают предполагаемые ошибки в текущей модели:

${\ displaystyle C_ {diffmap} = (m | F_ {obs} | -D | F_ {calc} |) exp (2 \ pi i \ phi _ {calc})}$

где m - добротность, которая является оценкой косинуса ошибки по фазе, а D - масштабный коэффициент.

Рекомендации