Плотность генов - Gene density

В генетике , то плотность генов из организма генома представляет собой отношение количества генов на число пар оснований , как правило , написано в терминах миллиона пара оснований, или Мегабаза (МБ). В геноме человека плотность генов составляет 11-15 генов на мегабайт, а в геноме аскариды C. elegans - 200 генов .

На первый взгляд простые организмы, такие как бактерии и амебы , имеют гораздо более высокую плотность генов, чем люди. Бактериальная ДНК имеет плотность генов порядка 500-1000 генов / млн. Это связано с несколькими факторами, в том числе с тем фактом, что бактериальная ДНК не имеет интронов . В генах бактерий также меньше кодонов .

Разновидность

простейшие

разновидность количество генов пары оснований в геноме (Mb) плотность генов
Бабезия микроти 3 685 6.4 575,8
Besnoitia besnoiti 8 546 58,8 145,3
Криптоспоридиум парвум 3 887 9.1 427,1
Лямблии кишечные 5 388 11,5 468,5
Leishmania donovani 8,123 32,4 250,7
Плазмодий falciparum 5683 23,5 241,8
Фитофтора infestans 19 344 203,2 95,2
Tetrahymena thermophila 26 996 130,4 207
Theileria parva 4 141 8,3 498,9
Toxoplasma gondii 8,925 64,5 138,4
Trypanosoma cruzi 25 183 32,5 774,9

грибы

разновидность количество генов пары оснований в геноме (Mb) плотность генов
Agaricus bisporus 11 459 30,7 373,3
Aspergillus nidulans 9 586 30,6 313,3
Aspergillus niger 10 828 35,6 304,2
грибковые микроорганизмы албиканс 6 263 14,7 426,1
Криптококк neoformans 7 004 18,6 376,5
Debaryomyces hansenii 6 495 12.1 536,8
Encephalitozoon cuniculi 2,029 2.3 882,2
Eremothecium gossypii 5 356 9.1 588,6
Фузариоз оксиспорум 21 354 52,4 407,5
Kluyveromyces lactis 5,335 10,6 503,3
Lasiodiplodia theobromae 13 054 43,6 299,4
Neurospora crassa 10 590 41,3 256,4
Saccharomyces cerevisiae 6 445 11,9 541,6
Saccharomyces paradoxus 5 840 12 486,6
Schizosaccharomyces pombe 6 974 12,8 544,8
Talaromyces marneffei 10 138 28,3 358,2
Тремелла брыжеечная 8 292 27,9 297,2
Trichoderma harzianum 14 294 40,7 351,2
Trichophyton rubrum 8 804 23,1 381,1
Ustilago Maydis 6 909 19,9 347,2
Валлемия ихтиофага 5 000 9,5 526,3
Тысячелистник липолитический 7 144 20,3 351,9

растения

разновидность распространенное имя количество генов пары оснований в геноме (Mb) плотность генов
Ananas Comosus ананас 25 758 382 67,4
Arabidopsis thaliana тале кресс 38 311 119 321,9
Спаржа лекарственная спаржа 32 237 1,187 27,2
Brassica rapa полевая горчица 51 592 333 154,9
Каннабис сатива конопля 31 170 876 35,6
Каянус Каян голубь горох 33 495 593 56,5
Capsicum annuum перец 41 729 2 909 14,3
Кофе арабика кофе 56 902 1,094 52
Глицин макс соя 59 905 995,7 60,2
Juglans regia Английский орех 37 996 634,7 59,9
Nicotiana tabacum табак 74 273 3 734,2 19,9
Olea europaea оливковый 47 911 1316,7 36,4
Oryza sativa рис 35 223 385 91,5
Panicum Hallii трава 31 528 511,6 61,6
Физкомитриум патенс распространяющийся земляной мох 23 747 472 50,3
Prunus dulcis миндаль 26 936 236,9 113,7
Prunus persica персик 26 412 214,2 123,3
Punica granatum гранат 29 281 308,4 94,9
Роза китайская Роза 40 349 513,9 78,5
Solanum lycopersicum помидор 31 263 813 38,5
Solanum tuberosum картофель 33 606 760 44,2
Теоброма какао какао 24 957 335 74,5
Zea Mays кукуруза 49 796 2,197 22,7

беспозвоночный

виды беспозвоночных
разновидность распространенное имя количество генов пары оснований в геноме (Mb) плотность генов
Aedes aegypti комар желтая лихорадка 19 623 1,274 15.4
Anopheles gambiae Африканский малярийный комар 13 247 250 53
Apis mellifera пчела 12 374 226 54,8
Caenorhabditis elegans C. elegans 47 632 102 467
Дафния великая водяная блоха 21 549 126 171
Drosophila melanogaster плодовая муха 17 868 137 130,4
Гидра обыкновенная гидра 22 980 1,055 21,8
Лимулус полифем подковообразный краб 27 318 1828 14,9
Осьминог китайский осьминог 29 784 2 719 11
Pediculus humanus человеческая вошь 10 993 110 99,9
Стронгилоцентротус пурпуратус фиолетовый морской еж 33 504 921 36,4

позвоночные, не являющиеся млекопитающими

разновидность распространенное имя количество генов пары оснований в геноме (Mb) плотность генов
Аллигатор миссисипиенсис Американский аллигатор 25 279 2 161 11,7
Анолис каролиненсис ящерица анол 22 293 1,799 12,4
Astyanax mexicanus Мексиканская тетра 31 695 1,263 25,1
Columba Livia голубь 26 679 1,063 25,1
Данио Рерио данио 47 350 1,408 33,6
Gallus gallus курица 24 402 1,043 23,4
Nothobranchius furzeri бирюзовый киллифиш 25 387 1,052 24,1
Oryzias latipes Японская рисовая рыба 26 846 746 36
Петромизон маринус морская минога 22 167 987 22,5
Taeniopygia guttata зебровый зяблик 21 543 1,069 20,2
Такифугу рубрипс Японский пуховик 27 413 384 71,8
Xenopus tropicalis тропическая когтистая лягушка 28 863 1,468 19,7
Xenopus laevis Африканская когтистая лягушка 37 283 2 718 13,7

позвоночные млекопитающие

разновидность распространенное имя количество генов пары оснований в геноме (Mb) плотность генов
Acinonyx jubatus гепард 34 482 2378 14,5
Ailuropoda melanoleuca гигантская панда 32 950 2371 13,9
Aotus nancymaae ночная обезьяна 31 331 2 861 11
Artibeus jamaicensis Ямайская летучая мышь-фруктоз 31 480 2316 13,6
Arvicanthis niloticus Африканская травяная крыса 31 912 2,496 12,8
Balaenoptera acutorostrata Малый полосатик кит 26 805 2,431 11
Balaenoptera musculus синий кит 27 194 2,105 12,9
Бизон бизон Американский бизон 27 488 2 828 9,7
Bos mutus дикий як 26 159 2 703 9,7
Bos taurus крупный рогатый скот 35 061 2 715 12,9
Обыкновенная волчанка собака 36 717 2370 15.5
Шиншилла ланигера длиннохвостая шиншилла 30 378 2390 12,7
Felis catus Кот 35 521 2,521 14
Горилла горилла горилла 35 419 3063 11,6
Homo sapiens человек 44 507 2 861 15.5
Macaca mulatta Обезьяна-резус 40 164 2 970 13,5
Mus musculus домовая мышь 42 823 2 689 15,9
Пан троглодиты шимпанзе 40 769 3050 13,4
Раттус норвегикус коричневая крыса 38 371 2 743 14
Sus scrofa свинья 30 345 2,459 12,3

Подсчет генов рассчитывается по количеству флагов генов в последней версии файла аннотации gtf для данного вида. Имейте в виду, что у хорошо изученных организмов, вероятно, будет большее количество генов, потому что эти виды имеют лучшую аннотацию, поэтому эти цифры являются приблизительными для сравнения.

Смотрите также

Рекомендации