Малая ядрышковая РНК U3 - Small nucleolar RNA U3
U3 | |
---|---|
Вторичная структура РНК U3 метазоа и сохранение последовательности
| |
Идентификаторы | |
Символ | U3 |
Альт. Символы | РНУ3П2, |
Рфам | RF00012 |
NCBI Gene | 26844 |
HGNC | 10176 |
OMIM | 180710 |
Прочие данные | |
Тип РНК | snoRNA |
Домен (ы) | Эукариоты ; |
Структуры PDB | PDBe |
U3 snoRNA - это некодирующая РНК, обнаруженная преимущественно в ядрышке . U3 имеет бокс-мотивы C / D, которые технически делают его членом бокс-C / D-класса snoRNA ; однако, в отличие от других C / D box snoRNAs, не было показано, что он направляет 2'- O - метилирование др. РНК. Скорее, считается, что U3 управляет сайт-специфическим расщеплением рибосомальной РНК (рРНК) во время процессинга пре-рРНК.
Элемент C / D бокса представляет собой подмножество шести элементов короткой последовательности, обнаруженных во всех snoRNA U3, а именно боксов A, A ', B, C, C' и D. Вторичная структура U3 snoRNA характеризуется маленьким 5 ' домен (с блоками A и A ') и более крупный 3' домен (с блоками B, C, C 'и D), причем два домена связаны однонитевым шарниром. Боксы B и C образуют мотив B / C, который, по-видимому, является эксклюзивным для snoRNA U3, а боксы C 'и D образуют мотив C' / D. Последний функционально подобен мотивам C / D, обнаруженным в других мяРНК. 5'-домен и шарнирная область действуют как пре-рРНК-связывающий домен. 3'-домен имеет консервативные сайты связывания с белками. Мотивы как бокса B / C, так и бокса C '/ D достаточны для удержания в ядре мяРНК U3. Мотив C '/ D бокса также необходим для локализации ядрышка, стабильности и гиперметилирования U3 snoRNA. Оба бокса B / C и C '/ D мотивы участвуют в специфических белковых взаимодействиях и необходимы для функций процессинга рРНК с помощью U3 snoRNA.
Видовые модели вторичной структуры
Доступна вторичная структура S. cerevisiae, определенная химическим картированием РНК U3A в очищенном snoRNP. Человек также была предложена модель структуры. Подобно дрожжам и человеку, простейшие простейшие Entamoeba histolytica: примитивный эукариот принял ту же консервативную вторичную структуру мяРНК U3. Были предложены четыре консенсусные структуры, специфичные для метазоа , грибов , растений и базальных эукариот.
Смотрите также
Рекомендации
внешняя ссылка
- Страница для Малой ядрышковой РНК U3 в Rfam
- uRNADB: страница U3 (архив)
- Запись UMASS snoRNAdb для U3
- Запись SGD для U3a
- Запись человеческой snoRNAbase для U3
Эта статья по молекулярной биологии - незавершенная . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |