Гаплогруппа A-L1085 - Haplogroup A-L1085

Гаплогруппа A-L1085 , также известная как гаплогруппа A0-T, является гаплогруппой Y-ДНК человека . Это часть отцовской линии почти всех живущих сегодня людей. SNP L1085 играет две роли в популяционной генетике : во - первых, большинство гаплогрупп Y-ДНК - отклонялись от него и; во-вторых, он определяет нерасчлененную базальную кладу A-L1085 *.

A0-T имеет две основные ветви: A-V148 (также известную как гаплогруппа A0) и гаплогруппа A-P305 (гаплогруппа A1).

Источник

Гаплогруппа А распространена среди койсанцев .

Многие предположения о происхождении гаплогруппы A-L1085 предполагают, что она была связана с исконным населением южноафриканских охотников-собирателей. Это связано с тем, что родословная гаплогруппы A-L1085 часто встречается у народа сан .

Однако линии передачи A-L1085 из Южной Африки являются субкладами линии передачи A, обнаруженной в других частях Африки. Это говорит о том, что линии передачи A-L1085 прибыли в Южную Африку из других мест. Две самые базальные линии гаплогруппы A-L1085, A-V148 и A-P305, были обнаружены в Западной Африке, Северо-Западной Африке и Центральной Африке. Cruciani et al. 2011 предполагает, что эти линии могли возникнуть где-то между Центральной и Северо-Западной Африкой, хотя такая интерпретация все еще предварительная из-за неполного географического охвата африканских y-хромосом.

Первоначальные исследования показали, что линии гаплогруппы A-L1085 возникли около 60000 лет назад, что было значительно позже TMRCA для линий митохондриальной ДНК, которые сливаются между 150-200 тыс. Лет назад. Cruciani et al. 2011 год с серьезной реструктуризацией ветвей отодвинул корень дерева Y-хромосомы на 142 000 лет назад.

В ноябре 2012 года новое исследование Scozzari et al. укрепили «гипотезу происхождения гаплогруппы A1b в северо-западном квадранте африканского континента и вместе с недавними открытиями древних линий Y-хромосомы в центрально-западной Африке предоставили новые доказательства географического происхождения человеческого MSY. разнообразие".

Географическое распределение

Центральная Африка

Гаплогруппа А-М13 наблюдается в популяциях северного Камеруна (2/9 = 22% Tupuri , 4/28 = 14% Мандара , 2/17 = 12% фульбе ) и восточная ДРК (2/9 = 22% алур , 1 / 18 = 6% хема , 1/47 = 2% мбути ).

Гаплогруппа A-M91 (xA-M31, A-M6, A-M32) наблюдалась у народа бакола на юге Камеруна (3/33 = 9%).

Без тестирования на какой-либо субклад гаплогруппа A-L1085 наблюдалась в выборках нескольких популяций Габона , включая 9% (3/33) выборки бака , 3% (1/36) выборки ндуму , 2% (1/46) выборки Думы , 2% (1/57) выборки Нзеби и 2% (1/60) выборки Цого .

Восточная Африка

Гаплогруппа A-M13 распространена среди южносуданцев (53%), особенно у динка (61,5%). Гаплогруппа A-M13 также наблюдалась в другой выборке населения Южного Судана с частотой 45% (18/40), включая 1/40 A-M171. О гаплогруппе А также сообщалось в 14,6% (7/48) образцов Амхара , 10,3% (8/78) образцов оромо , 13,6% (12/88) других образцов из Эфиопии и 41% образцов. из беты Израиля (Cruciani и др. , 2002), а также важных процентов также разделяет банту в Кении (14%, Луис и др. 2004) и Iraqw в Танзании (3/43 = 7,0% (Луис и др. 2004) до 1/6 = 17% (Knight et al. 2003)).

Северная Африка

Субклад A1 наблюдается у ливийских берберов , а субклад A-M13 наблюдается примерно у 3% египетских мужчин.

Южная Африка

В одном исследовании было обнаружено гаплогруппа А на образцах различных койсанских -speaking колен с частотой в диапазоне от 10% до 70%. Удивительно, но эта конкретная гаплогруппа не была обнаружена в образце хадзабе из Танзании, населения, традиционно считающегося древним остатком койсанов из-за присутствия щелкающих согласных в их языке.

Европа

Гаплогруппа A наблюдалась как A1 у европейских мужчин в Англии. Хромосома AY также с низкой частотой наблюдалась в Малой Азии, на Ближнем Востоке и на некоторых островах Средиземноморья, среди эгейских греков, сицилийцев (0,2% A1a на Капо-д'Орландо и 0,5% A1b на всем острове ), палестинцев. , Иорданцы и йеменцы. Без тестирования на какой-либо субклад гаплогруппа A1b наблюдалась в выборке греков из Митилини на Эгейском острове Лесбос, а A1b наблюдалась также у 0,1% иберийских евреев . Авторы одного исследования сообщили, что обнаружили гаплогруппу A у 3,1% (2/65) выборки киприотов , хотя они не исключили окончательно возможность того, что любой из этих людей может принадлежать к гаплогруппе B.

Распределение субкладов

Диверсия гаплогруппы A (Y-ДНК) и ее потомков.

A-V148 * (A0) *)

A-V148 - одно из двух основных ответвлений в A0-T.

A-P305 * (A1 *)

Гаплогруппа A-P305 * в основном ограничена некоторыми частями Африки , хотя несколько случаев были зарегистрированы в Европе и Западной Азии .

Самый высокий уровень A-P305 встречается у пигмеев бакола (Южный Камерун ) - 8,3%, берберов из Алжира - 1,5% и в Гане . Клада также достигает высоких частот в популяциях бушменов- охотников-собирателей в Южной Африке , за которыми следуют многие нилотские группы в Восточной Африке . Однако, гаплогруппа старейших суб-клады исключительно найдены в Центральном - Северо - Западной Африке , где он, и , следовательно , Y-хромосомный Адам, как полагают, возникла около 140000 лет назад. Кладу также довольно часто наблюдали в определенных популяциях в Эфиопии , а также в некоторых группах пигмеев в Центральной Африке.

Гаплогруппа A-L1085 менее распространена среди носителей языка Нигер-Конго , которые в значительной степени принадлежат к кладе E1b1a . Считается, что гаплогруппа E в целом возникла в Северо-Восточной Африке, а позже была завезена в Западную Африку, откуда она распространилась около 5000 лет назад в Центральную, Южную и Юго-Восточную Африку с расширением банту . Согласно Wood et al. (2005) и Rosa et al. (2007), такие относительно недавние перемещения населения из Западной Африки изменили ранее существовавшее популяционное Y-хромосомное разнообразие в Центральной, Южной и Юго-Восточной Африке, заменив предыдущие гаплогруппы в этих областях доминирующими в настоящее время линиями E1b1a. Однако следы предковых жителей сегодня можно наблюдать в этих регионах по присутствию гаплогрупп ДНК Y A-M91 и B-M60 , которые распространены в определенных реликтовых популяциях, таких как пигмеи мбути и койсаны .

В составной выборке из 3551 африканского мужчины гаплогруппа А имела частоту 5,4%. Самые высокие частоты гаплогруппы А были зарегистрированы среди койсанов Южной Африки, бета-Израиля и нило-сахарцев .

А-М31

Субклад A-M31 был обнаружен примерно в 2,8% (8/282) из ​​семи выборок различных этнических групп в Гвинее-Бисау , особенно среди Папель-Манджако-Манканья (5/64 = 7,8%). В более раннем исследовании Gonçalves et al. В 2003 г. сообщалось об обнаружении A-M31 в 5,1% (14/276) образцов из Гвинеи-Бисау и в 0,5% (1/201) пары образцов из Кабо-Верде . Авторы другого исследования сообщили об обнаружении гаплогруппы A-M31 в 5% (2/39) выборки мандинка из Сенегамбии и 2% (1/55) выборки догонов из Мали . Гаплогруппа A-M31 также была обнаружена у 3% (2/64) выборки берберов из Марокко и 2,3% (1/44) выборки неустановленной этнической принадлежности из Мали .

По крайней мере, семь мужчин с наследственными корнями в Йоркшире , Англия и носящими отличительную фамилию Ревис, были идентифицированы как принадлежащие к субкладу A-M31. В новостях говорилось, что мужчины были фенотипически «европейцами» и не знали об африканском происхождении. Последующие исследования показали, что в 18 веке у них был общий предок по отцовской линии.

А-М6

A-M6 (ранее A2) обычно встречается у койсанских народов. Авторы одного исследования сообщили об обнаружении гаплогруппы A-M6 (xA-P28) у 28% (8/29) выборки Цумкве Сан и 16% (5/32) выборки ! Kung / Sekele и гаплогруппы A-P28 в 17% (5/29) образца Tsumkwe San, 9% (3/32) образца ! Kung / Sekele, 9% (1/11) образца Nama и 6% (1/18) образца Dama . Авторы другого исследования сообщили об обнаружении гаплогруппы A-M6 у 15,4% (6/39) выборки койсанских мужчин, включая 5/39 A-M6 (xA-M114) и 1/39 A-M114.

А-М32

Клада A-M32 (ранее A3) содержит самые густонаселенные ветви гаплогруппы A-L1085 и в основном встречается в Восточной Африке и Южной Африке .

А-М28

Субклад A-M28 (ранее A3a) редко наблюдался в районе Африканского Рога . В 5% (1/20) смешанной выборки носителей южносемитских языков из Эфиопии, 1,1% (1/88) выборки эфиопов и 0,5% (1/201) сомалийцев.

A-M51

Субклад A-M51 (ранее A3b1) чаще всего встречается у койсанских народов (6/11 = 55% нама , 11/39 = 28% койсан, 7/32 = 22% ! Кунг / секеле, 6/29 = 21% цумкве. Сан, 1/18 = 6% Дама). Однако это также было обнаружено с меньшей частотой среди народов банту в южной части Африки , в том числе 2/28 = 7% сото-тсвана , 3/53 = 6% некойсанских южноафриканцев, 4/80 = 5% коса и 1 / 29 = 3% зулусов .

А-М13

Субклад A-M13 (ранее A3b2), который обычно встречается в Восточной Африке и северном Камеруне, отличается от субкладов, обнаруженных в койсанских образцах, и лишь отдаленно связан с ними. Это открытие предполагает древнее расхождение.

В Судане гаплогруппа A-M13 была обнаружена у 28/53 = 52,8% жителей Южного Судана , 13/28 = 46,4% нубийцев центрального Судана, 25/90 = 27,8% жителей Западного Судана , 4/32 = 12,5%. местных жителей хауса и 5/216 = 2,3% жителей Северного Судана.

В Эфиопии одно исследование показало, что гаплогруппа A-M13 обнаружена у 14,6% (7/48) выборки амхара и 10,3% (8/78) выборки оромо . В другом исследовании сообщается об обнаружении гаплогруппы A-M118 у 6,8% (6/88) и гаплогруппы A-M13 (xA-M171, A-M118) у 5,7% (5/88) смешанной выборки эфиопов, что составляет всего 12,5% (11/88) А-М13.

Гаплогруппа A-M13 также наблюдается иногда за пределами Центральной и Восточной Африке, как и в Эгейском регионе в Турции (2/30 = 6,7%), йеменские евреи (1/20 = 5%), Египет (4/147 = 2,7 %, 3/92 = 3,3%), палестинские арабы (2/143 = 1,4%), Сардиния (1/77 = 1,3%, 1/22 = 4,5%), столица Иордании , Амман (1/101 = 1 %) и Оман (1/121 = 0,8%).

Филогенетика

Филогенетическая история

До 2002 г. в академической литературе было по крайней мере семь систем именования Филогенетического дерева Y-хромосомы. Это привело к значительной путанице. В 2002 году основные исследовательские группы объединились и сформировали Консорциум Y-хромосомы (YCC). Они опубликовали совместный документ, в котором было создано единое новое дерево, которое все согласились использовать. Позже группа гражданских ученых, интересующихся популяционной генетикой и генетической генеалогией, сформировала рабочую группу для создания любительского дерева, стремясь быть, прежде всего, своевременным. В приведенной ниже таблице собраны все эти работы на основе знакового Дерева YCC 2002 года. Это позволяет исследователю, просматривающему ранее опубликованную литературу, быстро перемещаться между номенклатурами.

Оригинальные научные публикации

Следующие исследовательские группы в соответствии с их публикациями были представлены в создании Дерева YCC.

Cruciani 2011

Пересмотренное генеалогическое древо y-хромосомы Cruciani et al. 2011 по сравнению с генеалогическим древом из Karafet et al. 2008. A1b теперь известен как A0 согласно ISOGG.

Существенный сдвиг в понимании дерева гаплогруппы А произошел с публикацией ( Cruciani 2011 ) . Первоначальное секвенирование Y-хромосомы человека показало, что первое расщепление в генеалогическом дереве Y-хромосомы произошло из-за мутации M91, которая отделила гаплогруппу A от гаплогруппы BT . Однако теперь известно, что наиболее глубокий раскол в дереве Y-хромосомы обнаруживается между двумя ранее описанными субкладами гаплогруппы A, а не между гаплогруппой A и гаплогруппой BT. Субклады A1b и A1a-T теперь спускаются непосредственно от корня дерева. Перестройка генеалогического древа Y-хромосомы подразумевает, что линии, классифицируемые как гаплогруппа A, не обязательно образуют монофилетическую кладу. Следовательно, гаплогруппа A относится к набору родословных, которые не обладают маркерами, определяющими гаплогруппу BT, хотя многие родословные внутри гаплогруппы A связаны лишь очень отдаленно. ошибка harv: цель отсутствует: CITEREFCruciani2011 ( справка )

Мутации M91 и P97 отличают гаплогруппу A от гаплогруппы BT . В хромосомах гаплогруппы A маркер M91 состоит из участка из 8 единиц нуклеотидных оснований T. В хромосомах гаплогруппы BT и шимпанзе этот маркер состоит из 9 единиц нуклеиновых оснований T. Этот паттерн предполагал, что участок 9T гаплогруппы BT был предковой версией и что гаплогруппа A образовалась в результате делеции одного азотистого основания .

Но согласно Cruciani et al. 2011 г., область, окружающая маркер M91, является горячей точкой мутаций, склонной к повторяющимся мутациям. Следовательно, возможно, что участок 8T гаплогруппы A может быть наследственным состоянием M91, а 9T гаплогруппы BT может быть производным состоянием, которое возникло при вставке 1T. Это могло бы объяснить, почему субклады A1b и A1a-T, самые глубокие ветви гаплогруппы A, оба обладают 8T-отрезком. Кроме того, Cruciani et al. 2011 определил, что маркер P97, который также используется для идентификации гаплогруппы A, обладал наследственным состоянием в гаплогруппе A, но производным состоянием в гаплогруппе BT .

Филогенетические деревья

Это филогенетическое дерево субкладов гаплогрупп основано на дереве консорциума Y-хромосом (YCC), дереве гаплогруппы Y-ДНК ISOGG и последующих опубликованных исследованиях.

Y-хромосомный Адам

• A0 (ранее A1b) (P305, V148, V149, V154, V164, V166, V172, V173, V177, V190, V196, V223, V225, V229, V233, V239)
• A1 (A1a-T согласно Cruciani 2011) (L985, L989, L990, L1002, L1003, L1004, L1009, L1013, L1053, V161, V168, V171, V174, V203, V238, V241, V250, V238, V241, V250 )
  • A1a (M31, P82, V4, V14, V15, V25, V26, V28, V30, V40, V48, V53, V57, V58, V63, V76, V191, V201, V204, V214, V215, V236)
  • A1b (A2-T согласно Cruciani 2011) (P108, V221)
    • A1b1 (L419)
      • A1b1a (V50, V82, V198, V224)
        • A1b1a1 ранее A2 (M14, M23, L968 / M29 / P3 / PN3, M71, M135, M141, M206, M276 / P247, M277 / P248, MEH1, P4, P5, P36.1, Page71, Page87, Page95)
          • A1b1a1a (M6, M196)
            • A1b1a1a1 (M212)
              • A1b1a1a1a ранее A2a (M114)
              • A1b1a1a1b ранее A2b (P28)
              • A1b1a1a1c ранее A2c (P262)
      • A1b1b ранее A3 (M32)
        • A1b1b1 ранее A3a (M28, M59)
        • A1b1b2 ранее A3b (M144, M190, M220, P289)
          • A1b1b2a ранее A3b1 (M51, P100, P291)
            • A1b1b2a1 ранее A3b1a (P71, P102)
          • A1b1b2b ранее A3b2 (M13, M127, M202, M219, M305):
            • A1b1b2b1 (M118)
    • BT (M42, M94, M139, M299, M60, M181 / страница 32, P85, P90, P97, страница 65.1 / SRY1532.1 / SRY10831.1, V21, V29, V31, V59, V64, V102, V187, V202, V216, V235)

Смотрите также

Генетика

Y-ДНК A субклады

Основное дерево Y-ДНК

использованная литература